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Protéomique quantitative : différentes approches

Environnement scientifique et technique de la formation

Institut Jacques Monod - UMR 7592

RESPONSABLES

Jean-Michel CAMADRO

Directeur de recherche

UMR 7592

Thibault LEGER

Ingénieur d'études

UMR 7592

LIEU

PARIS (75)

ORGANISATION

4 jours ; de 4 à 8 stagiaires
TP en binômes avec un intervenant par binôme

COÛT PÉDAGOGIQUE

2000 Euros

A L'ISSUE DE LA FORMATION

Evaluation de la formation par les stagiaires ; attestation de formation

DATE DU STAGE

17290 : Nous consulter

Janvier Février Mars Avril
Mai Juin Juillet Août
Sept. Oct. Nov. Déc.

OBJECTIFS

- Connaître les champs d'application des approches quantitatives en protéomique
- Connaître les différentes stratégies de quantification
- Etre capable de mettre en œuvre une approche expérimentale, de la préparation des échantillons à l'analyse critique des données obtenues

PUBLIC

Techniciens, ingénieurs, chercheurs

PRÉREQUIS

Une première expérience en analyse protéomique par spectrométrie de masse est exigée.
Avoir suivi le stage " Caractérisation des protéines par spectrométrie de masse dans le contexte de la protéomique " (Réf. 17117, ce catalogue) ou niveau équivalent

PROGRAMME

Cours (30 %)
- Approches globales :
. quantification label-free (DDA, DIA, pSMART)
. marquages métaboliques : SILAC, SILAC dynamique, pulsed-SILAC, autres marquages métaboliques
. marquage chimique : iTRAQ, TMT et dérivés, autres marquages
- Approches ciblées : SRM / MRM, PRM (relative ou absolue)
Travaux pratiques (50 %)
- Préparation des échantillons pour analyse TMT et label-free
- Acquisition des données en LC-MS / MS
Les stagiaires peuvent amener deux échantillons qui seront analysés à des fins pédagogiques pendant la formation (contacter le resonsable pour les détails pratiques) sous réserve de l'accord préalable du responsable scientifique.
Ateliers d'analyse des données (20 %)
- Présentation des principaux logiciels d'analyse des données en protéomique quantitative
- Etablissement des procédures d'analyse en fonction du type de quantification (relative ou absolue)
- Evaluation par les stagiaires des différentes solutions logicielles

EQUIPEMENTS

Spectrométres de masse : Orbitrap Fusion Tribrid, Orbitrap Q-Exactive Plus, Orbitrap-LTQ-Velos ETD, MALDI TOF/TOF 4800+
Chromatographes : nano-LC-Easy 1000, RSLC U3000 Dionex
Le laboratoire dispose de moyens de calculs autonomes (Cluster Alineos) et de suites logicielles dédiées (Licence de site MASCOT, Peaks, Progenesis Qi, Byonic, Pinnacle, Proteome Discoverer, Licence open source Skyline) qui seront utilisées durant le stage.

INTERVENANTS

J-M Camadro (chercheur), T. Léger, C. Garcia, L. Collomb (Ingénieurs) et G. Lelandais (professeur)

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