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Préparation des banques NGS à partir d'ARN : les étapes pratiques et méthodologiques

Environnement scientifique et technique de la formation

Institut de génomique fonctionnelle de Lyon - UMR 5242

RESPONSABLES

Benjamin GILLET

Ingénieur de recherche

UMR 5242

Sandrine HUGHES

Chargée de recherche

UMR 5242

LIEU

LYON (69)

ORGANISATION

3 jours
De 4 à 8 stagiaires
TP en binômes avec un intervenant pour deux binômes maximum

COÛT PÉDAGOGIQUE

1700 Euros

A L'ISSUE DE LA FORMATION

Evaluation de la formation par les stagiaires
Envoi d'une attestation de formation

DATE DU STAGE

17295 : du lundi 16/10/2017 au mercredi 18/10/2017

Janvier Février Mars Avril
Mai Juin Juillet Août
Sept. Oct.
17295
Nov. Déc.

OBJECTIFS

- Comprendre les technologies de séquençage Illumina et Ion Torrent
- Savoir identifier les points limitants avant le développement d'un projet de séquençage à partir d'ARN
- Acquérir les compétences pratiques et théoriques pour la réalisation de ses projets NGS
- Maîtriser les étapes de construction et de validation d'une banque NGS à partir d'ARN pour être autonome
- Maîtriser les équipements pour la quantification et qualification des acides nucléiques, la fragmentation et la sélection de taille

PUBLICS

Chercheurs, ingénieurs et techniciens intéressés par le volet pratique du séquençage NGS
Afin d'adapter le programme aux attentes des stagiaires, un questionnaire téléchargeable ICI sera à renvoyer avant le début du stage.

PRÉREQUIS

Connaissances de base en biologie moléculaire

PROGRAMME

Partie théorique (5 h)
- Les technologies de séquençage Illumina et Ion Torrent
- Les principales méthodes de construction de banques NGS
- Format des données générées et généralités sur l'analyse primaire des données
- Potentiel des applications de séquençage (illustrations, exemplifications)

Partie pratique (12 h)

- Exemple de construction de banques à partir d'ARN : séquençage RNA-seq sur plateforme Ion Torrent
- Quantification et qualification des ARNs
- Construction d'une banque à partir d'ARN
- Contrôle qualité de banques avant séquençage
- Amplification emPCR, enrichissement de la banque, séquençage
- Récupération des données de séquençage et traitement primaire

La dernière demi-journée (3 h) sera consacrée à l'analyse des cas posés par les stagiaires (questions spécifiques, projets propres de séquençage).

EQUIPEMENT

Thermocycler Veriti ; Covaris S220 ; Qubit, Nanodrop, Tapestation 2200 ; Ion OneTouch 2 Instrument ; Ion OneTouch ES ; Séquenceur Ion torrent PGM ou Proton

INTERVENANTS

B. Gillet, R. Guyot (ingénieurs) et S. Hughes (chercheuse)

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