S'inscrire

Linux et script pour la bioinformatique

RESPONSABLE

Eric RIVALS

Directeur de recherche

UMR 5506

LIEU

MONTPELLIER (34)

ORGANISATION

2 jours
De 8 à 10 stagiaires
Pour les TD : un intervenant pour 5 stagiaires maximum

COÛT PÉDAGOGIQUE

700 Euros

A L'ISSUE DE LA FORMATION

Evaluation de la formation par les stagiaires
Envoi d'une attestation de formation

DATE DU STAGE

17397 : du mardi 07/11/2017 au mercredi 08/11/2017

Janvier Février Mars Avril
Mai Juin Juillet Août
Sept. Oct. Nov.
17397
Déc.

OBJECTIFS

- Connaître les principes et les avantages du système Linux
- Connaître et savoir utiliser les commandes de base permettant de lancer des programmes sous Linux
- Comprendre et savoir lancer des scripts (Shell ou Python)
- Etre capable d'écrire des scripts en lignes de commande et en Python
- Acquérir de l'autonomie pour effectuer des analyses bioinformatiques qui combinent plusieurs outils

PUBLIC

Biologistes, bioanalystes, professionnels des sciences du vivant ayant besoin d'analyser des données

PRÉREQUIS

Notions de base en informatique : fichiers, répertoires, etc.

PROGRAMME

Pour la plupart des tâches communes, le système Linux (libre et gratuit) peut avantageusement remplacer les systèmes d'exploitation propriétaires tels que Windows ou MacOS. Les énormes avantages de Linux sont sa gratuité, son évolution constante et l'inexistence des virus. Ce stage est une initiation à l'utilisation du système d'exploitation Linux et des lignes de commande pour les non informaticiens, ainsi qu'une initiation à l'écriture et l'emploi de scripts (petits programmes) pour faciliter l'analyse de données. Il s'agit pour des débutants ou quasi débutants Linux d'utiliser le système et d'acquérir l'autonomie nécessaire pour résoudre les besoins communs simples d'analyse par la combinaison des méthodes à travers des scripts.

- Linux, lignes de commande, redirection, langage script Shell, comment lancer, créer et modifier des scripts
- Scripts Shell et Python : programmation, utilisation de paramètres et de variables, combinaison d'outils et de logiciels, écriture des résultats dans un ou plusieurs fichiers

Alternance de cours (40 %) et de travaux dirigés (60 %)

EQUIPEMENT

Postes de travail sous linux avec logiciels installés

INTERVENANTS

E. Rivals (chercheur) et A.M. Chifilleau (Maître de Conférences)

Choisir une formation

Choisir un autre domaine

Contactez-nous
par téléphone
01 69 82 44 55
ou par
+ d'infos