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Scripting pour Micromanager 

RESPONSABLES

Jérôme MUTTERER

Ingénieur de recherche

UPR 2357

Christian ROUVIERE

Ingénieur de recherche

UMR 7009

LIEU

STRASBOURG (67)

ORGANISATION

2 jours
8 stagiaires maximum
TP encadrés par 3 intervenants

COÛT PÉDAGOGIQUE

850 Euros

A L'ISSUE DE LA FORMATION

Evaluation de la formation par les stagiaires
Envoi d'une attestation de formation

DATE DU STAGE

17430 : du jeudi 16/11/2017 au vendredi 17/11/2017

Janvier Février Mars Avril
Mai Juin Juillet Août
Sept. Oct. Nov.
17430
Déc.

OBJECTIFS

- Etre capable de développer des scripts ou plugins pour Micromanager
- Etre capable de concevoir des protocoles originaux d'acquisition d'image
- Savoir piloter programmatiquement les éléments d'une station d'imagerie depuis micromanager

PUBLIC

Techniciens, ingénieurs, chercheurs

PRÉREQUIS

Maîtrise des fonctions de base du logiciel Micromanager et d'un langage de programmation

PROGRAMME

De plus en plus de microscopistes font face à la nécessité de concevoir des stations d'imagerie à façon. L'effort est en général concentré sur le développement instrumental, qui permet de réaliser des expériences ou modalités d'expériences inédites. Micromanager est une solution de choix pour le pilotage des stations d'imagerie. Son existence évite aux concepteurs de stations d'imagerie "home-made" de devoir développer un logiciel complet de pilotage, et sa modularité permet de l'adapter à divers scénarios. La connaissance de l'API de Micromanager permettra aux participants de tirer le meilleur parti de cette application.

- Présentation en détails de Micromanager et de son API
- Structure de l'application, interactions avec le logiciel hôte ImageJ
- Interface de scripts beanshell de Micromanager
- Système de plugins spécifiques de Micromanager (par exemple Live Processor, Autofocus, Access Panels)
- Communication avec les périphériques (éléments de microscopes, caméras)
- Piloter Micromanager depuis un logiciel tiers (ICY)

Alternance de cours (25 %) et de travaux pratiques (75 %)

EQUIPEMENT

Il est demandé aux stagiaires de venir avec leur propre ordinateur portable (Windows 7 ou MacOS)

INTERVENANTS

J. Mutterer, S. Dallongeville et C. Terryn (ingénieurs)

Cette formation est proposée dans le cadre du réseau RTMFM de la mission pour l'interdisciplinarité du CNRS. Elle est organisée par la délégation Alsace du CNRS dans le cadre de la formation continue des agents du CNRS qui s'inscrivent directement auprès de leur service formation en délégation régionale. Elle est ouverte aux publics extérieurs au CNRS par le biais de CNRS Formation Entreprises.

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