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Automatisation du traitement d'images : du langage macro au machine learning et analyse de données sous ImageJ, FIJI, R, WEKA et Ilastik

RESPONSABLES

Cédric MATTHEWS

Ingénieur de recherche

UMR 7288

Christian ROUVIERE

Ingénieur de recherche

UMR 7009

Léon ESPINOSA

Ingénieur de recherche

UMR 7283

LIEU

MARSEILLE (13)

ORGANISATION

4 jours ; de 5 à 8 stagiaires
TD encadrés par 2 intervenants

COÛT PÉDAGOGIQUE

1600 Euros

A L'ISSUE DE LA FORMATION

Evaluation de la formation par les stagiaires - attestation de formation

DATE DU STAGE

18001 : du lundi 03/12/2018 au jeudi 06/12/2018

Janvier Février Mars Avril
Mai Juin Juillet Août
Sept. Oct. Nov. Déc.
18001

OBJECTIFS

- Acquérir, par une alternance de cours et de travaux pratiques, les concepts et les méthodes actuelles de l'automatisation du traitement de l'image afin de conduire rapidement et de façon autonome un travail complet d'analyse des données
- Etre capable d'utiliser le logiciel R pour l'analyse des données
- Etre capable d'utiliser le logiciel WEKA pour du machine learning en traitement de l'image

PUBLIC

Chercheurs, ingénieurs et techniciens

PRÉREQUIS

Connaître les fonctions de base du traitement de l'image notamment sous ImageJ - FIJI
Avoir suivi la formation "Traitement d'images sous ImageJ et les nouveaux logiciels FIJI et ICY : bases conceptuelles et pratiques" ou niveau équivalent (Réf. 18125, ce catalogue)

PROGRAMME

- Langage de programmation
- Mise en œuvre et contrôle de boucles conditionnelles et structuration de programme
- Mise en place de macro-commandes, insertion dans menu et réalisation interfaces utilisateurs
- Gestion des entrées et sorties de données, gestion de tableaux
- Fitting de données
- Automatisation des processus de filtrage et de comptage d'objets
- Analyse statistique par R des données extraites des images
- Initier un apprentissage de machine learning avec trainable WEKA segmentation, Ilastik, Knime
- Réalisation d'études de cas proposées par les stagiaires, sous réserve de l'accord préalable du responsable de la formation

Programme détaillé téléchargeable ICI


Alternance de cours (12 h) et de travaux dirigés (19 h)

EQUIPEMENT

Il est demandé aux stagiaires de venir avec leur propre ordinateur portable.

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