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Vidéo-microscopie photonique appliquée aux micro-organismes : acquisition et analyse des données

Environnement scientifique et technique de la formation

Laboratoire de chimie bactérienne - UMR 7283

RESPONSABLES

Léon ESPINOSA

Ingénieur de recherche

UMR 7283

Romain MERCIER

Chargé de recherche

UMR 7283

LIEU

MARSEILLE (13)

ORGANISATION

3 jours
De 3 à 9 stagiaires
TP en sous-groupes de 3 personnes maximum avec 1 intervenant par sous-groupe

COÛT PÉDAGOGIQUE

1500 Euros

A L'ISSUE DE LA FORMATION

Evaluation de la formation par les stagiaires
Envoi d'une attestation de formation

DATE DU STAGE

18002 : du lundi 24/09/2018 au mercredi 26/09/2018

Janvier Février Mars Avril
Mai Juin Juillet Août
Sept.
18002
Oct. Nov. Déc.

OBJECTIFS

- Acquérir une expertise dans la préparation des échantillons destinés à la vidéo-microscopie photonique sur des micro-organismes vivants
- Acquérir une expertise dans les techniques de vidéo-microscopie photonique en champ clair et en fluorescence
- Acquérir les bases de l'analyse des images obtenues : morphologie cellulaire, structures subcellulaires, "tracking", représentations graphiques et statistiques

PUBLIC

Chercheurs, ingénieurs, techniciens

PRÉREQUIS

Aucun

PROGRAMME

Cours (2 h) et travaux dirigés (8 h) :
- Apports de la microscopie et de la biologie cellulaire dans l'étude des micro-organismes
- Stratégies de construction des protéines fluorescentes
- Analyses d'images appliquées à la microbiologie (comptages, divisions cellulaires, "tracking", morphologie)
- Etudes de cas en atelier. Il est proposé aux stagiaires de présenter un cas concret qui sera étudié à des fins pédagogiques sous réserve de l'accord préalable du responsable scientifique.

Travaux pratiques (10 h)

- Méthodologie pour l'acquisition en vidéo-microscopie en contraste de phase et fluorescence
- Acquisitions en vidéo-microscopie : acquisitions longues, acquisitions rapides, sensibilité à la fluorescence, contrôle de l'environnement
- Acquisitions avec perfusion liquide continue

EQUIPEMENTS

3 vidéo-microscopes (fluorescence et contraste de phase) + 3 postes d'analyse d'images
Matériel biologique : Escherichia coli, Myxococcus xanthus, Caulobacter crescentus, Bacillus subtilis

INTERVENANTS

L. Espinosa (ingénieur), L. My (assistante ingénieure), R. Mercier et T. Mignot (chercheurs)

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