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Phylogénie moléculaire (Lyon)

Environnement scientifique et technique de la formation

Laboratoire de biométrie et biologie évolutive - UMR 5558

RESPONSABLE

Guy PERRIERE

Directeur de recherche

UMR 5558

LIEU

VILLEURBANNE (69)

ORGANISATION

4 jours
De 4 à 12 stagiaires

Un stage similaire est organisé à Montpellier en octobre 2018
(voir Réf. 18230)

COÛT PÉDAGOGIQUE

1400 Euros

A L'ISSUE DE LA FORMATION

Evaluation de la formation par les stagiaires
Envoi d'une attestation de formation

DATE DU STAGE

18008 : du mardi 20/03/2018 au vendredi 23/03/2018

Janvier Février Mars
18008
Avril
Mai Juin Juillet Août
Sept. Oct. Nov. Déc.

OBJECTIFS

- Acquérir des connaissances théoriques et pratiques en phylogénie moléculaire
- Etre autonome dans la conduite d'une analyse phylogénétique
- Maîtriser le choix, le paramétrage et l'exploitation des résultats des programmes de phylogénie

PUBLIC

Chercheurs et ingénieurs

PRÉREQUIS

- Etre familiarisé avec les banques de données de séquences
- Avoir déjà utilisé au moins un logiciel de bioinformatique
- Avoir des notions en mathématiques et statistiques

PROGRAMME

Cours (50 %)
- Banques de séquences, homologie, alignements par paires et multiples, nettoyage, éditeur
- Introduction à la phylogénie
- Modèles d'évolution
- Reconstruction phylogénétique par les méthodes de distance et de parcimonie
- Reconstruction phylogénétique par maximum de vraisemblance
- Reconstruction phylogénétique bayésienne
- Bootstraps et tests de branche, comparaison de phylogénies
- Orthologues / paralogues - transferts
- Approche phylogénomique

Travaux pratiques (50 %)
- Recherche de séquences et alignements : NCBI, Blast, Seaview, ClustalW, Muscle, Gblocks
- Construction d'arbres :
. NJ, BioNJ, Dnapars, PhyML, Seaview, GBlocks
. Modeltest, ProtTest, Treefinder
. MRBayes

Dernière demi-journée consacrée à un atelier pédagogique d'analyse et de réflexion sur les données apportées par les stagiaires

EQUIPEMENT

Un ordinateur sera mis à disposition de chaque stagiaire.

INTERVENANTS

M. Gouy, V. Daubin et G. Perrière (chercheurs)

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