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Python pour l'analyse de processus biologiques

RESPONSABLE

Macha NIKOLSKI

Directrice de recherche

UMR 5800

LIEU

BORDEAUX (33)

ORGANISATION

4 jours
De 7 à 12 stagiaires
2 intervenants en simultané pour les TD

COÛT PÉDAGOGIQUE

1300 Euros

A L'ISSUE DE LA FORMATION

Evaluation de la formation par les stagiaires
Envoi d'une attestation de formation

DATES DU STAGE

18018 : du mardi 12/06/2018 au vendredi 15/06/2018

18308 : du mardi 06/11/2018 au vendredi 09/11/2018

Janvier Février Mars Avril
Mai Juin
18018
Juillet Août
Sept. Oct. Nov.
18308
Déc.

OBJECTIFS

- Savoir écrire des scripts simples avec le langage Python
- Savoir manipuler les structures de données et utiliser des modules
- Etre capable de récupérer et pré-analyser les données (Biopython)
- Etre capable d'effectuer les analyses d'enrichissement avec Biopython et GSEA (fonctions, réseaux, etc.)

PUBLIC

Ingénieurs et chercheurs. Biologistes et chimistes de formation souhaitant s'initier à la programmation pour la bioinformatique

PRÉREQUIS

Aucun prérequis en matière de programmation. Le stage s'effectuera sous Linux en mode lignes de commande. Savoir utiliser un éditeur de texte est conseillé.

PROGRAMME

Cette formation introduira le langage Python, le traitement des séquences biologiques avec Biopython, l'annotation de processus biologiques avec GSEA et le module enrichR.

- Le langage Python et ses commandes essentielles
- Les structures de données en Python
- Les modules en Python
- Le traitement de données biologiques avec le module Biopython
- Annotation et enrichissement de processus biologiques avec GSEA

Programme détaillé téléchargeable ICI.

Alternance de cours (50 %) et de travaux pratiques et dirigés (50 %)

INTERVENANTS

B. Dartigues et A. Miniussi (ingénieurs)

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