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Calcul de structures 3D de protéines et complexes de protéines à partir de données RMN (liquide ou solide)

Environnement scientifique et technique de la formation

Institut des sciences analytiques - UMR 5280

RESPONSABLES

Torsten HERRMANN

Directeur de recherche

UMR 5280

Gilles RAUTUREAU

Maître de conférences

UMR 5280

LIEU

VILLEURBANNE (69)

ORGANISATION

3 jours
De 3 à 8 stagiaires
Pour les TD : 1 intervenant pour 4 stagiaires maximum

COÛT PÉDAGOGIQUE

1650 Euros

A L'ISSUE DE LA FORMATION

Evaluation de la formation par les stagiaires
Envoi d'une attestation de formation

DATE DU STAGE

18169 : du mardi 20/03/2018 au jeudi 22/03/2018

Janvier Février Mars
18169
Avril
Mai Juin Juillet Août
Sept. Oct. Nov. Déc.

OBJECTIFS

- Acquérir ou parfaire des connaissances théoriques et pratiques en calcul de structures des biomolécules basés sur des données de RMN
- Savoir utiliser les outils informatiques pour traiter les données RMN dans le cadre de la biologie structurale
- Maîtriser les méthodes automatiques pour l'exploitation des données RMN multidimensionnelles

PUBLICS

Chercheurs, ingénieurs et techniciens

Afin d'adapter le programme aux attentes des stagiaires, un questionnaire téléchargeable ICI sera à renvoyer avant le début du stage.

PRÉREQUIS

Connaissances de base du processus d'analyse structurale des protéines par RMN

PROGRAMME

- Présentation générale des méthodes de calcul de structure de protéines par RMN : attribution de séquences spécifiques des résonances, exploitation des spectres NOE, validation de structures, dépôt dans la base PDB
- Description des différents types de contraintes conformationnelles collectables par RMN (déplacements chimiques, NOE, RDCs, PRE, contraintes dérivées de bases de données) et critères de choix de leur utilisation spécifique selon le système étudié
- Concepts de modélisation moléculaire pour la détermination structurale de protéines (recuit simulé, dynamique moléculaire)
- Présentation et utilisation du logiciel UNIO pour l'analyse automatique des données RMN

Alternance de cours (50 %) et de travaux pratiques (50 %)

EQUIPEMENT

Un ordinateur par stagiaire (linux / Mac) et suites logicielles nécessaires pour l'analyse des spectres RMN et le calcul de structures tri-dimensionelles

INTERVENANTS

T. Herrmann (chercheur), G. Rautureau (maître de conférences) et B. Elena-Herrmann (ingénieure)

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