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Phylogénie moléculaire (Montpellier)

RESPONSABLE

Stéphane GUINDON

Chargé de recherche

UMR 5506

LIEU

MONTPELLIER (34)

ORGANISATION

4,5 jours
Du lundi à 10 h au vendredi à 12 h 30
De 8 à 12 stagiaires
TP encadrés par 2 intervenants

Un stage similaire est organisé à Lyon en mars 2018 (Réf. 18008)

COÛT PÉDAGOGIQUE

1400 Euros

A L'ISSUE DE LA FORMATION

Evaluation de la formation par les stagiaires
Envoi d'une attestation de formation

DATE DU STAGE

18230 : du lundi 08/10/2018 au vendredi 12/10/2018

Janvier Février Mars Avril
Mai Juin Juillet Août
Sept. Oct.
18230
Nov. Déc.

OBJECTIFS

- Acquérir des connaissances théoriques et pratiques en phylogénie moléculaire
- Etre autonome dans la conduite d'une analyse phylogénétique
- Maîtriser le choix, le paramétrage et l'exploitation des résultats des programmes de phylogénie

PUBLIC

Chercheurs et ingénieurs

PRÉREQUIS

- Etre familiarisé avec les banques de données de séquences
- Avoir déjà utilisé les logiciels de base en bioinformatique
- Connaître les notions de base en statistiques (tests, lois probabilistes usuelles, méthodes simples d'estimation de paramètres)
- Avoir des notions de programmation

Afin de vérifier l'adéquation du contenu aux attentes des stagiaires, un questionnaire téléchargeable ICI sera à compléter et à renvoyer au moment de l'inscription.

PROGRAMME

- Phylogénie : introduction, définitions, propriétés
- Alignements et nettoyage des données
- Modèles d'évolution, modèles d'arbres
- Méthodes de distances et de parcimonie
- Méthodes de maximum de vraisemblance, placement phylogénétique
- Méthodes bayésiennes
- Datation moléculaire
- Détection de sélection positive
- Phylogénomique

Alternance de cours (15 h) et de TP (15 h)

Ce programme pourra être ajusté en fonction du profil des participants.

EQUIPEMENT

Un ordinateur sera mis à disposition de chaque stagiaire.

INTERVENANTS

O. Gascuel, F. Pardi, C. Scornavacca, B. Linard, S. Guindon (chercheurs), A.-M. Arigon-Chifolleau (maître de conférences), E. Douzery (professeur) et V. Lefort (ingénieur)

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