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Analyse avancée de séquences

RESPONSABLE

Macha NIKOLSKI

Directrice de recherche

UMR 5800

LIEU

BORDEAUX (33)

ORGANISATION

3 jours
De 6 à 15 stagiaires
2 intervenants en simultané pour les TD

COÛT PÉDAGOGIQUE

1200 Euros

A L'ISSUE DE LA FORMATION

Evaluation de la formation par les stagiaires
Envoi d'une attestation de formation

DATES DU STAGE

18239 : du mardi 29/05/2018 au jeudi 31/05/2018

18307 : du mardi 16/10/2018 au jeudi 18/10/2018

Janvier Février Mars Avril
Mai
18239
Juin Juillet Août
Sept. Oct.
18307
Nov. Déc.

OBJECTIFS

- Savoir rechercher des informations dans les banques de données
- Maîtriser les outils d'analyse de séquences tels que les alignements et savoir interpréter les résultats
- Maîtriser les stratégies d'annotation de génomes bactériens
- Maîtriser les formats et les analyses des nouvelles données issues du séquençage (NGS)
- Prendre en main l'outil Galaxy

PUBLICS

Ingénieurs et chercheurs
Afin d'adapter au mieux le contenu de la formation aux attentes des stagiaires, il leur est demandé de compléter et de renvoyer le questionnaire téléchargeable ICI.

PRÉREQUIS

Aucun

PROGRAMME

1er jour
- Organisation des banques de données publiques
- Recherche d'information dans les banques de données publiques
- Prise en main de l'outil Galaxy, outil qui sera utilisé tout au long de la formation
- Comparaison et alignement multiple de séquences
- Familles de protéines et domaines fonctionnels
- Découverte des logiciels de prédiction
- Stratégie et enjeux de l'annotation de génomes
2ème jour
- Etat de l'art du séquençage haut débit
- Formats et manipulation des données NGS
3ème jour
- Analyse avancée à partir de données NGS
- Après-midi : les stagiaires sont invités à apporter leurs données qui seront utilisées à des fins pédagogiques pour les exercices.

Une partie des analyses sera effectuée dans l'environnement Galaxy.

Alternance de cours (10 h) et de travaux dirigés (10 h)

EQUIPEMENT

Il est conseillé de venir avec son propre ordinateur portable.

INTERVENANTS

A. Barré, B. Dartigues (ingénieurs) et R. Uricaru (maître de conférences)

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