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ChIP-seq, RNA-seq et Hi-C : traitement, analyse et visualisation de données

Environnement scientifique et technique de la formation

Institut de génétique moléculaire de Montpellier - UMR 5535

RESPONSABLES

Jean-Christophe ANDRAU

Directeur de recherche

UMR 5535

Amal MAKRINI

Ingénieure d'études

UMR 5535

LIEU

MONTPELLIER (34)

ORGANISATION

4 jours
De 6 à 12 stagiaires
TD encadrés par 1 intervenant pour 4 stagiaires maximum

COÛT PÉDAGOGIQUE

1700 Euros

A L'ISSUE DE LA FORMATION

Evaluation de la formation par les stagiaires - attestation de formation

DATE DU STAGE

18246 : du mardi 26/06/2018 au vendredi 29/06/2018

Janvier Février Mars Avril
Mai Juin
18246
Juillet Août
Sept. Oct. Nov. Déc.

OBJECTIFS

- Savoir planifier une expérience simple de type ChIP-seq ou RNA-seq
- Savoir évaluer la qualité des données obtenues dans le cadre de la régulation des gènes (ChIP-seq) et de l'analyse du transcriptome (RNA-seq)
- Maîtriser les principales méthodes et outils d'analyse des données ChIP-seq et RNA-seq
- Savoir les visualiser dans un navigateur de génome et en extraire les coordonnées des pics enrichis
- Savoir manipuler et annoter les fichiers d'enrichissement (bedtools, DAVID)
- Maîtriser les principales méthodes d'analyse des données Hi-C et de génération des cartes de contact chromosomique

PUBLICS

Ingénieurs et chercheurs biologistes / bioinformaticiens
Prérequis : avoir des bases d'utilisation de lignes de commande sous R

PROGRAMME

1er jour : pre-processing des données ChIP-seq et RNA-seq
- Notions de bases du ChIP-seq, RNA-seq et Hi-C et de leurs pipelines d'analyse, principe de normalisation avec spike-in
- Prétraitement des données (qualité des données brutes, alignements, artefacts de séquençage)
- Exploration des données alignées (estimation de la taille des fragments, qualité de l'alignement)
2ème et 3ème jours : analyse ChIP-seq
- Génération des fichiers d'enrichissement (.wig) avec le package R PASHA
- Visualisation des fichiers .wig et initiation à la sélection de régions enrichies, aux paramètres de détection (MACS2, ou directement sur genome browser)
- Initiation à la mise en place de métaprofils autour des régions d'intérêt (gène, TSS, TES, enhancers)
- Analyse d'enrichissement d'annotations fonctionnelles à l'aide de DAVID ('gene ontology')
- Recherche de motifs dans les régions enrichies (avec RSAT)
Analyse RNA-seq
- Quantification de l'expression des gènes dans les données RNA-seq à travers le RPKM
- Principe de normalisation utilisant des spike-in
- Analyse de l'expression différentielle des gènes et des exons
4ème jour : analyse Hi-C
- Traitement et alignement des séquences et construction de la carte de contact chromosomique
- Visualisation et interprétation de la carte de contact
- Présentation de quelques bases de données et d'outils de visualisation de Hi-C
- Discussion (3 h) avec les participants de leurs problématiques et des solutions à y apporter
Alternance de cours (4 h) et de TD (24 h)

EQUIPEMENT

Mise à disposition d'un ordinateur par stagiaire sous linux avec logiciels nécessaires à la formation

INTERVENANTS

J-C. Andrau, L. Pioger (chercheur) et A. Markini (ingénieure d'études)

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