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ImageJ / FIJI : traitement et analyse d'images de microscopie

Environnement scientifique et technique de la formation

Institut de biologie intégrative de la cellule - UMR 9198

RESPONSABLES

Romain LE BARS

Ingénieur de recherche

UMR 9198

Laetitia BESSE

Ingénieure d'études

UMR 9198

LIEU

GIF-SUR-YVETTE (91)

ORGANISATION

3 jours
De 4 à 10 stagiaires
TP encadrés par 1 intervenant pour 5 stagiaires maximum

COÛT PÉDAGOGIQUE

1100 Euros

A L'ISSUE DE LA FORMATION

Evaluation de la formation par les stagiaires
Envoi d'une attestation de formation

DATE DU STAGE

18286 : du lundi 12/11/2018 au mercredi 14/11/2018

Janvier Février Mars Avril
Mai Juin Juillet Août
Sept. Oct. Nov.
18286
Déc.

OBJECTIFS

- Maitriser le logiciel ImageJ afin de pouvoir visualiser et mettre en forme un grand nombre de types de données d'imagerie (images multi-couleurs, séries temporelles, données tridimensionnelles)
- Acquérir les bases permettant de traiter des images et de les analyser afin de générer des données quantifiables de manière automatique

PUBLIC

Chercheurs, ingénieurs, techniciens ayant des bases de microscopie photonique

PRÉREQUIS

Aucun

PROGRAMME

- Introduction à l'analyse d'image et à ImageJ / FIJI :
. rappels sur l'acquisition des images en microscopie
. présentation et prise en main des logiciels ImageJ et FIJI
. visualisation d'images simples ou à plusieurs dimensions (x, y, z, temps, multiples couleurs...)
- Traitement d'images :
. traitement des images post-acquisition
. mise en forme des images pour publication
- Analyse d'images :
. quantification de signaux fluorescents
. détection automatique d'objets et étude morphologique
. notions de colocalisation
- Découverte du langage macro :
. initiation au langage macro
. automatisation de tâches simples

Alternance de cours (50 %) et de travaux pratiques (50 %)

EQUIPEMENT

Un ordinateur sera mis à disposition de chaque stagiaire.

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