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NGS pour l'analyse des modifications épitranscriptomiques des ARNs

Environnement scientifique et technique de la formation

Bioingénierie moléculaire, cellulaire et thérapeutique - FR 3209

RESPONSABLES

Iouri MOTORINE

Professeur

FR 3209

Virginie MARCHAND

Ingénieure de recherche

FR 3209

LIEU

NANCY (54)

ORGANISATION

3 jours
Du mardi 14h au vendredi 12h
De 4 à 8 stagiaires
TP en binômes avec 1 intervenant pour 2 binômes

COÛT PÉDAGOGIQUE

1750 Euros

A L'ISSUE DE LA FORMATION

Evaluation de la formation par les stagiaires
Envoi d'une attestation de formation

DATE DU STAGE

18309 : du mardi 22/05/2018 au vendredi 25/05/2018

Janvier Février Mars Avril
Mai
18309
Juin Juillet Août
Sept. Oct. Nov. Déc.

OBJECTIFS

- Acquérir des notions de base en épitranscriptomique
- Savoir choisir les techniques adaptées pour un projet épitranscriptomique
- Acquérir les compétences pour préparer et traiter les échantillons ARNs
- Maîtriser toutes les étapes de préparation des banques de séquençage
- Maîtriser les équipements pour la quantification et la qualification des échantillons (Qubit et Bioanalyzer 2100) et pour le séquençage (MiSeq Illumina)
- Savoir interpréter les données obtenues par les méthodes RiboMethSeq et RT-signature

PUBLIC

Chercheurs, ingénieurs

PRÉREQUIS

Connaissances de la biologie moléculaire des ARNs (niveau Master) ; connaissances des techniques de séquençage et préparation des banques. Avoir suivi la formation « Préparation des banques NGS à partir d'ARNs : les étapes pratiques et méthodologiques » (Réf. 18201, ce catalogue) ou niveau équivalent.

PROGRAMME

Partie théorique (6 h)
- Les notions de modification épitranscriptomique des ARNs, les fonctions de ces modifications et leur importance
- Les techniques pour identifier et analyser les modifications épitranscriptomiques :
. techniques d'enrichissement par les anticorps spécifiques
. techniques basées sur la signature de la transcriptase inverse (RT-signature)
. techniques basées sur l'emploi de réactifs spécifiques des modifications épitranscriptomiques
- Notions d'analyse des résultats obtenus

Partie pratique (18 h)
- Préparation de banques de séquençage pour l'analyse des signatures de la transcriptase inverse (RT-signature)
- Préparation de banques RiboMethSeq pour l'analyse des résidus 2'-O-méthylés des ARNs
- Quantification et qualification des banques préparées
- Séquençage des banques sur un MiSeq (Illumina)
- Analyse des données obtenues

EQUIPEMENT

Thermocycler SC8800 Agilent, Qubit ThermoFischer, Bioanalyzer 2100 Agilent, MiSeq Illumina

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