S'inscrire

Phylogénie moléculaire - Montpellier

RESPONSABLE

Stéphane GUINDON

Chargé de recherche

UMR 5506

LIEU

MONTPELLIER (34)

ORGANISATION

4,5 jours
De 8 à 12 stagiaires
TP encadrés par 2 intervenants

Un stage similaire est organisé à Lyon en mars 2019 (Réf. 19016)

COÛT PÉDAGOGIQUE

1400 Euros

A L'ISSUE DE LA FORMATION

Evaluation de la formation par les stagiaires
Envoi d'une attestation de formation

DATE DU STAGE

19015 : du lundi 07/10/2019 au vendredi 11/10/2019

Janvier Février Mars Avril
Mai Juin Juillet Août
Sept. Oct.
19015
Nov. Déc.

OBJECTIFS

- Acquérir des connaissances théoriques et pratiques en phylogénie moléculaire
- Etre autonome dans la conduite d'une analyse phylogénétique
- Maîtriser le choix, le paramétrage et l'exploitation des résultats des programmes de phylogénie

PUBLICS

Chercheurs et ingénieurs

Afin d'adapter le contenu du stage aux attentes des stagiaires, un questionnaire téléchargeable ICI devra être complété et renvoyé au moment de l'inscription.

PRÉREQUIS

- Etre familiarisé avec les banques de données de séquences
- Avoir déjà utilisé les logiciels de base en bioinformatique
- Connaître les notions de base en statistiques (tests, lois probabilistes usuelles, méthodes simples d'estimation de paramètres)
- Avoir des notions de programmation

PROGRAMME

- Phylogénie : introduction, définitions, propriétés
- Alignements et nettoyage des données
- Modèles d'évolution, modèles d'arbres
- Méthodes de distances et de parcimonie
- Méthodes de maximum de vraisemblance, placement phylogénétique
- Méthodes bayésiennes
- Datation moléculaire
- Détection de sélection positive
- Phylogénomique
- Placement phylogénétique et métagénomique

Alternance de cours (13 h) et de TD / TP (12,5 h)

Ce programme pourra être ajusté en fonction du profil des participants.

EQUIPEMENT

Un ordinateur sera mis à disposition de chaque stagiaire.

INTERVENANTS

O. Gascuel, F. Pardi, C. Scornavacca, B. Linard, S. Guindon (chercheurs), A.-M. Chifolleau (maîtresse de conférences), E. Douzery (professeur) et V. Lefort (ingénieur)

Choisir une formation

Choisir un autre domaine

+ d'infos