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La déconvolution d'images pour la microscopie photonique : bases théoriques et pratiques

RESPONSABLE

Astrid CANIVET-LAFFITTE

Ingénieure d'études

UMR 5282

LIEU

TOULOUSE (31)

ORGANISATION

3 jours
De 4 à 10 stagiaires
TP encadrés par 1 intervenant pour 5 stagiaires maximum

COÛT PÉDAGOGIQUE

1100 Euros

A L'ISSUE DE LA FORMATION

Evaluation de la formation par les stagiaires
Envoi d'une attestation de formation

DATE DU STAGE

19291 : du mardi 01/10/2019 au jeudi 03/10/2019

Janvier Février Mars Avril
Mai Juin Juillet Août
Sept. Oct.
19291
Nov. Déc.

OBJECTIFS

- Acquérir, par une alternance de cours et de travaux pratiques, la maîtrise de la déconvolution
- Connaître les bonnes pratiques d'acquisition d'images pour la déconvolution
- S'approprier les principaux algorithmes généralement proposés ; connaître leurs avantages et inconvénients
- Savoir choisir l'algorithme de déconvolution adéquat et choisir les bons paramètres de déconvolution en fonction des images à traiter et des problématiques à résoudre

PUBLIC

Chercheurs, ingénieurs, techniciens

PRÉREQUIS

Avoir de solides bases en microscopie de fluorescence. Avoir par exemple suivi un des stages " La microscopie de fluorescence : bases et nouveautés " (Réf. 18126 / 19148, ce catalogue) ou " Atelier de microscopie confocale " (Réf. 18129 / 19150, ce catalogue) ou niveau équivalent

PROGRAMME

Cours (1 jour) 
- Formation de l'image : qu'est-ce qu'une image ?
- Notion de système d'acquisition et impact sur l'image acquise (principaux modes d'acquisition, bruit capteur, PSF)
- Principe de la déconvolution
- Présentation et explications des principaux algorithmes de déconvolution
- Quel algorithme pour quel problème?
- PSF théorique ou PSF réelle : pertinence d'un modèle évolué de PSF suivant les problématiques expérimentales posées

Travaux pratiques sur ordinateur (2 jours)
- Prise en main de logiciels (commerciaux ou gratuits) sur des images tests classiques, comparaison des solutions
- Comparaison des différents algorithmes
- Tests sur des images proposées par les stagiaires à des fins pédagogiques sous réserve de l'accord préalable des formateurs

Alternance de cours (7 h) et de travaux pratiques et dirigés (12 h)

EQUIPEMENT

Il sera mis à disposition de chaque stagiaire un ordinateur équipé des logiciels nécessaires à la formation (ImageJ, Huygens).

INTERVENANTS

T. Mangeat, R. Flores-Flores, A. Le Ru, A. Canivet-Laffitte, S. Mazères, B. Ronsin et S. Dauvilliers (ingénieurs)

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