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Préparer des banques NGS à partir d'ADN et d'ARN : les étapes pratiques et méthodologiques appliquées à la technologie Illumina

Environnement scientifique et technique de la formation

Institut de génomique fonctionnelle de Lyon - UMR 5242

RESPONSABLES

Benjamin GILLET

Ingénieur de recherche

UMR 5242

Sandrine HUGHES

Chargée de recherche

UMR 5242

LIEU

LYON (69)

ORGANISATION

3 jours
De 4 à 8 stagiaires
TP en binômes avec 1 intervenant pour 2 binômes maximum

COÛT PÉDAGOGIQUE

2000 Euros

A L'ISSUE DE LA FORMATION

Evaluation de la formation par les stagiaires
Envoi d'une attestation de formation

DATES DU STAGE

19297 : du lundi 03/06/2019 au mercredi 05/06/2019

19298 : du lundi 02/12/2019 au mercredi 04/12/2019

Janvier Février Mars Avril
Mai Juin
19297
Juillet Août
Sept. Oct. Nov. Déc.
19298

OBJECTIFS

- Comprendre les technologies de séquençage Illumina
- Savoir identifier les points limitants avant le développement d'un projet de séquençage
- Acquérir les compétences pratiques et théoriques pour la réalisation de ses projets NGS
- Maîtriser les étapes de construction et de validation d'une banque NGS pour être autonome
- Maîtriser les équipements pour la quantification et qualification des acides nucléiques et la sélection de taille

PUBLICS

Chercheurs, ingénieurs et techniciens intéressés par le volet pratique du séquençage NGS

Afin d'adapter le contenu du stage aux attentes des stagiaires, un questionnaire téléchargeable ICI devra être complété et renvoyé au moment de l'inscription.

PRÉREQUIS

Connaissances de base en biologie moléculaire

PROGRAMME

Module théorique (5 h)
- La technologie de séquençage Illumina
- Les principales méthodes de construction de banques NGS
- Format des données générées et généralités sur l'analyse primaire des données
- Potentiel des applications de séquençage (illustrations, exemplifications)

Module pratique (12 h)
- Un exemple de construction de banques à partir d'ADN : séquençage de petits génomes
- Un exemple de construction de banques à partir d'ARN : séquençage RNAseq
- Quantification et qualification des ADN et des ARN
- Construction d'une banque à partir d'ADN et d'ARN
- Contrôle qualité de banques avant séquençage
- Séquençage sur plateforme Illumina (NextSeq500)
- Récupération des données de séquençage et critères de validation

La dernière demi-journée (3 h) sera consacrée à l'analyse de cas exposés par les stagiaires (questions spécifiques, projets propres de séquençage)

EQUIPEMENT

Thermocycler Veriti, Qubit, Nanodrop, Tapestation 2200, séquenceur Illumina NextSeq500

INTERVENANTS

B. Gillet, R. Guyot (ingénieurs) et S. Hughes (chercheuse)

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