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Cytométrie en flux : retraitement des données avec FlowJo

Environnement scientifique et technique de la formation

Centre de physiopathologie de Toulouse Purpan - UMR 5282

RESPONSABLE

Anne-Laure ISCACHE

Assistante ingénieure

UMR 5282

LIEU

TOULOUSE (31)

ORGANISATION

2,5 jours
De 4 à 10 stagiaires

COÛT PÉDAGOGIQUE

1100 Euros

A L'ISSUE DE LA FORMATION

Evaluation de la formation par les stagiaires
Envoi d'une attestation de formation

DATE DU STAGE

20003 : du lundi 04/05/2020 au mercredi 06/05/2020

Janvier Février Mars Avril
Mai
20003
Juin Juillet Août
Sept. Oct. Nov. Déc.

OBJECTIFS

- Connaître les outils de base de FlowJo pour l'analyse de données de cytométrie en flux multiparamétrique
- Savoir retravailler les données de cytométrie (chevauchement spectral, compensation)
- Être capable de faire des analyses automatisées simples (fonction batch simple) et complexes (analyses multiparamétriques ou expériences de variables multiples patients, dates, batch complexe)
- Connaître et comprendre les modules d'analyses spécifiques de cytométrie en flux (cycle cellulaire, prolifération, flux calcique)

PUBLICS

Chercheurs, ingénieurs et techniciens exerçant dans le domaine des sciences du vivant

Afin d'adapter le contenu du stage aux attentes des stagiaires, un questionnaire téléchargeable ICI devra être complété et renvoyé au moment de l'inscription.

PRÉREQUIS

Avoir une bonne pratique et compréhension de la cytométrie en flux
Aucun prérequis en termes de maîtrise du logiciel FlowJo

PROGRAMME

- Présentation générale du logiciel et de ses fonctionnalités
- Présentation des outils de base au travers d'une analyse simple marquage :
. Workspace : organisation de l'espace de travail, comment créer / modifier une stratégie d'analyse et l'appliquer
. Table Editor : création de rapports statistiques simples
. Layout Editor : création de rapports graphiques simples (batch, overlay, mise en page)
- Les compensations : rappels des principes de compensation, contrôler et valider la matrice de compensation. Création d'une matrice de compensation en mode automatique
- Réglages des préférences du logiciel
- Organisation de l'expérience : création automatique de groupes, itération, mots clés, métadonnées, fonction concaténation
- Création de rapports statistiques complexes : création de formules, mise en forme des résultats statistiques (heat map, valeur de référence)
- Création de rapports graphiques complexes : Batch complexes (itération par panel, mots clés)
- Utilisation des modules d'analyses spécifiques de cytométrie en flux (cycle cellulaire, prolifération, flux calcique)

Dernière demi-journée consacrée à l'analyse de jeux de données apportés par les stagiaires à des fins pédagogiques sous réserve de l'accord préalable de la responsable de la formation.

Alternance de cours (6 h) et de travaux dirigés (11 h)

EQUIPEMENT

Un ordinateur équipé du logiciel FlowJo sera mis à disposition de chaque participant.

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