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Phylogénie moléculaire - formation de base

RESPONSABLE

Stéphane GUINDON

Chargé de recherche

UMR 5506

LIEU

MONTPELLIER (34)

ORGANISATION

3 jours
De 8 à 12 stagiaires
TP encadrés par 2 intervenants

COÛT PÉDAGOGIQUE

1200 Euros

A L'ISSUE DE LA FORMATION

Evaluation de la formation par les stagiaires
Envoi d'une attestation de formation

DATE DU STAGE

20021 : du mardi 31/03/2020 au jeudi 02/04/2020

Janvier Février Mars
20021
Avril
Mai Juin Juillet Août
Sept. Oct. Nov. Déc.

OBJECTIF

- Savoir inférer un arbre phylogénétique et l'interpréter

PUBLICS

Chercheurs et ingénieurs

Afin d'adapter le contenu du stage aux attentes des stagiaires, un questionnaire téléchargeable ICI devra être complété et renvoyé au moment de l'inscription.

PRÉREQUIS

- Savoir ce à quoi correspondent des séquences génétiques homologues
- Avoir déjà utilisé les logiciels de base en bioinformatique
- Connaître les notions de base en statistiques (tests, lois probabilistes usuelles, méthodes simples d'estimation de paramètres)
- Avoir des notions de programmation

PROGRAMME

- Lignes de commandes Linux
- Le format Newick
- Dessin d'arbres
- Alignements multiples et nettoyage
- Modèles d'évolution
- Choix de modèles
- Définitions et propriétés des arbres
- Méthodes de parcimonie
- Méthodes de distance
- Maximum de vraisemblance
- Reconstruction phylogénétique Bayésienne
- Bootstraps et autres supports de branches

Alternance de cours (10 h) et de TD / TP (7,5 h)

Programme détaillé téléchargeable ICI
Ce programme pourra être ajusté en fonction du profil des participants.

Cette formation pourra être poursuivie par une formation de phylogénie avancée (Réf. 20287, ce catalogue)

EQUIPEMENT

Un ordinateur sera mis à disposition de chaque stagiaire.

INTERVENANTS

F. Pardi, S. Guindon (chercheurs), A.-M. Chifolleau (maîtresse de conférences) et V. Lefort (ingénieur)

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