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Scripts en Python pour la bioinformatique et environnement Linux

RESPONSABLE

Eric RIVALS

Directeur de recherche

UMR 5506

LIEU

MONTPELLIER (34)

ORGANISATION

2,5 jours
De 8 à 12 stagiaires
Pour les TD : 1 intervenant pour 8 stagiaires maximum

COÛT PÉDAGOGIQUE

1000 Euros

A L'ISSUE DE LA FORMATION

Evaluation de la formation par les stagiaires
Envoi d'une attestation de formation

DATE DU STAGE

20027 : du mercredi 04/11/2020 au vendredi 06/11/2020

Janvier Février Mars Avril
Mai Juin Juillet Août
Sept. Oct. Nov.
20027
Déc.

OBJECTIFS

- Connaître les principes et les avantages du système Linux
- Connaître et savoir utiliser les commandes de base permettant de lancer des programmes sous Linux
- Comprendre et savoir lancer des scripts
- Être capable d'écrire des scripts en Python
- Acquérir de l'autonomie pour effectuer des analyses bioinformatiques qui combinent plusieurs outils

PUBLIC

Biologistes, bioanalystes, professionnels des sciences du vivant ayant besoin d'analyser des données

PRÉREQUIS

Notions de base en informatique : fichiers, répertoires, etc.

PROGRAMME

Pour la plupart des tâches communes, le système Linux (libre et gratuit) peut avantageusement remplacer les systèmes d'exploitation propriétaires tels que Windows ou MacOS. Les énormes avantages de Linux sont sa gratuité, son évolution constante et la quasi inexistence des virus. Ce stage est une initiation à l'utilisation du système d'exploitation Linux et des lignes de commande pour les non informaticiens, ainsi qu'une initiation à l'écriture et l'utilisation de scripts (petits programmes) pour faciliter l'analyse de données. Le langage de script Python bénéficie d'une grande communauté d'utilisateurs, de nombreux modules d'extensions (dont BioPython) qui facilitent l'analyse de données biologiques, et il s'impose comme le standard en "Machine learning" (apprentissage automatique) et en analyse de Big Data. Python est idéal de par sa facilité d'apprentissage. Il s'agit pour des débutants ou quasi débutants Linux d'utiliser le système et d'acquérir l'autonomie nécessaire pour résoudre les besoins communs simples d'analyse par la combinaison des méthodes à travers des scripts.

- Linux : lignes de commandes, principales commandes, redirection
- Lancer, créer et modifier des scripts
- Notions de variables, de boucles, de choix
- Programmation de scripts : utilisation de paramètres et de variables, combinaison d'outils et de logiciels, écriture des résultats dans un ou plusieurs fichiers
- Création d'un pipeline d'outils

Alternance de cours (40 %) et de travaux dirigés (60 %)

EQUIPEMENT

Postes de travail sous linux avec logiciels installés

INTERVENANTS

E. Rivals et J. Ripoll (chercheurs) et A.-M. Chifoleau (maîtresse de conférences)

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