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Caractérisation des protéines par spectrométrie de masse dans le contexte de la protéomique

Environnement scientifique et technique de la formation

Spectrométrie de masse biologique et protéomique - USR 3149

RESPONSABLES

Joëlle VINH

Directrice de recherche

USR 3149

Iman HADDAD

Ingénieure d'études

USR 3149

LIEU

PARIS (75)

ORGANISATION

5 jours
De 5 à 10 stagiaires

COÛT PÉDAGOGIQUE

2300 Euros

A L'ISSUE DE LA FORMATION

Evaluation de la formation par les stagiaires
Envoi d'une attestation de formation

DATE DU STAGE

20156 : du lundi 23/11/2020 au vendredi 27/11/2020

Janvier Février Mars Avril
Mai Juin Juillet Août
Sept. Oct. Nov.
20156
Déc.

OBJECTIFS

- Acquérir les bases théoriques et pratiques des stratégies en protéomique bottom-up
- Être capable d'obtentir et interpréter des spectres de masse à partir de microquantité de matériel protéique
- Interpréter des spectres de masse MS/MS pour le séquençage des peptides
- Savoir détecter des modifications post-traductionnelles
- Être initié à l'identification de protéines par recherche dans les banques de séquences

PUBLICS

Techniciens supérieurs, ingénieurs, chercheurs

Prérequis : connaissances de base en biochimie et en techniques analytiques

PROGRAMME

Les stagiaires peuvent apporter un échantillon à titre pédagogique (contacter les formateurs pour les détails pratiques). La semaine est organisée avec une alternance théorie / pratique.

Formation théorique (50 % du temps environ)
- Techniques d'ionisation des macrobiomolécules d'intérêt biologique : ESI, MALDI
- Les analyseurs : TOF, quadripôles, trappes d'ions, hybrides, FT-ICR, TOF-TOF, Orbitrap
- Mesure de masse moléculaire (MS)
- Peptides, règles de fragmentation, interprétation des spectres, assistance informatique pour l'interprétation (MS/MS)
- Préparation d'échantillon, digestion
- Identification de protéines par Mass Fingerprinting
- Identification par séquençage partiel en MS/MS
- Outils informatiques pour les recherches dans les banques
- Couplage HPLC et nano HPLC
- Introduction à la quantification différentielle par MS

Travaux pratiques (50 % du temps environ)
- Identification de protéines par spectrométrie de masse : de la protéine isolée sur gel
d'acrylamide ou en solution à son identification par spectrométrie de masse

EQUIPEMENTS

- Spectrométrie de masse : 2 hybrides nanoESI quadripôle-Orbitrap QExactive et QExactive-HF, 1 hybride nanoESI trappe ionique-Orbitrap LTQ-Orbitrap, 1 hybride nanoESI trappe ionique-FTICR équipé d'une source TriVersa NanoMate Advion, MALDI TOF-TOF 5800
- Nano chromatographie en phase liquide : 2 chaînes U3000 Dionex, 3 chaînes RSLC U3000, un
robot d'interface nanoLC MALDI Probot, ESI Orbitrap
- Logiciels disponibles : Mascot, Peaks, Byonic, MaxQuant, Proteome Discoverer, myProMS, Perseus

INTERVENANTS

G. Bolbach, S. Shakir, J. Vinh (chercheurs), G. Chiappetta, E. Demey, I. Haddad (ingénieurs), Y. Verdier (maître de conférences) et G. Van der Rest (professeur)

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