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Traitement d'images sous ImageJ et les nouveaux logiciels FIJI et ICY : bases conceptuelles et pratiques

Environnement scientifique et technique de la formation

Institut de biologie du développement de Marseille-Luminy

- UMR 7288
RESPONSABLES

Cédric MATTHEWS

Ingénieur de recherche

UMR 7288

Christian ROUVIERE

Ingénieur de recherche

FR 3743

LIEU

MARSEILLE (13)

ORGANISATION

4 jours
De 5 à 8 stagiaires
2 intervenants présents simultanément pour l'ensemble de la formation

COÛT PÉDAGOGIQUE

1600 Euros

A L'ISSUE DE LA FORMATION

Evaluation de la formation par les stagiaires
Envoi d'une attestation de formation

DATES DU STAGE

20199 : du lundi 27/04/2020 au jeudi 30/04/2020

20326 : du lundi 21/09/2020 au jeudi 24/09/2020

Janvier Février Mars Avril
20199
Mai Juin Juillet Août
Sept.
20326
Oct. Nov. Déc.
OBJECTIFS
-

Acquérir, par une alternance de cours et de travaux pratiques, les concepts et les méthodes actuelles du traitement de l'image afin de conduire rapidement et automatiquement de façon autonome un travail complet d'analyse par les techniques de traitement de l'image


-

Appréhender l'utilisation de nouveaux logiciels libres de droit comme FIJI et ICY et connaître les points forts et complémentaires de ces logiciels

PUBLIC
Chercheurs, ingénieurs et techniciens
PRÉREQUIS
Aucun
PROGRAMME
- Chaîne d'acquisition de l'image : des capteurs à l'image numérique
- Gestion des images à N-dimensions (stack et hyperstack, alignement de piles d'images), gestion de ROI, calibrage, mesures sur l'image
- Qualité de l'image : contraste, histogramme (normalisation et dilatation), dynamique, seuillage, correction de fond
- Amélioration de l'image : filtrage par convolution et filtres fréquentiels
- Analyse de l'image : morphologies mathématiques, segmentation, génération de masques, arithmétique de l'image, comptage d'objets en 2D
- Génération de macro, automatisation des processus de filtrage et de comptage d'objets par programmation graphique
- Représentation 3D, tracking, co-localisation

La dernière demi-journée est consacrée à l'étude d'exemples apportés par les stagiaires (confidentialité garantie).

Programme détaillé téléchargeable ICI

Alternance de cours (15 h) et de travaux pratiques et dirigés (15 h)
EQUIPEMENT
Il est demandé aux stagiaires de venir avec leur ordinateur portable.
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