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Phylogénie moléculaire - formation avancée

RESPONSABLE

Stéphane GUINDON

Chargé de recherche

UMR 5506

LIEU

MONTPELLIER (34)

ORGANISATION

3 jours
De 8 à 12 stagiaires
TP encadrés par 2 intervenants

COÛT PÉDAGOGIQUE

1200 Euros

A L'ISSUE DE LA FORMATION

Evaluation de la formation par les stagiaires
Envoi d'une attestation de formation

DATE DU STAGE

20287 : du mardi 06/10/2020 au jeudi 08/10/2020

Janvier Février Mars Avril
Mai Juin Juillet Août
Sept. Oct.
20287
Nov. Déc.

OBJECTIF

- Être capable de tester des hypothèses et d'ajuster des modèles permettant de comprendre l'évolution à l'échelle moléculaire

PUBLICS

Chercheurs et ingénieurs

Afin d'adapter le contenu du stage aux attentes des stagiaires, un questionnaire téléchargeable ICI devra être complété et renvoyé au moment de l'inscription.

PRÉREQUIS

- Avoir déjà utilisé les logiciels de base en phylogénie moléculaire
- Maîtriser les notions de base en statistiques (tests statistiques, principe du bootstrap, intervalles de confiances, etc.) et de probabilités (probabilités jointes / conditionnelles, théorème de Bayes, etc.)
- Maîtriser un langage de programmation
- Notions de phylogénie moléculaire : avoir suivi le stage "Phylogénie moléculaire - formation de base" (Réf. 20021, ce catalogue) ou niveau équivalent

PROGRAMME

- Phylogénétique et génétique des populations
- Détection de sélection positive au sein de séquences codantes
- Datation moléculaire : intégrer fossiles et molécules
- Phylogénomique
- Super-arbres et super-matrices, réconciliations d'arbres
- Visualisation de l'information en phylogénie
- Placement phylogénétique
- Bases d'épidémiologie (modèles en compartiments, ODE, applications, etc)
- Simulations selon une variété de modèles épidémiologiques
- Phylodynamique : combiner épidémiologie et évolution

Alternance de cours (9 h) et de TD / TP (9 h)

Programme détaillé téléchargeable ICI

Ce programme pourra être ajusté en fonction du profil des participants.

EQUIPEMENT

Un ordinateur sera mis à disposition de chaque stagiaire.

INTERVENANTS

B. Linard, S. Guindon (chercheurs), E. Douzery (professeur) et V. Lefort (ingénieur)

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