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Analyse bioinformatique des séquences nucléiques et protéiques

Environnement scientifique et technique de la formation

Centre de recherche en informatique, signal et automatique de Lille - UMR 9189

RESPONSABLE

Hélène TOUZET

Directrice de recherche

UMR 9189

LIEU

VILLENEUVE D'ASCQ (59)

ORGANISATION

3 jours
De 5 à 10 stagiaires

COÛT PÉDAGOGIQUE

1300 Euros

A L'ISSUE DE LA FORMATION

Evaluation de la formation par les stagiaires
Envoi d'une attestation de formation

DATE DU STAGE

20297 : du mercredi 17/06/2020 au vendredi 19/06/2020

Janvier Février Mars Avril
Mai Juin
20297
Juillet Août
Sept. Oct. Nov. Déc.

OBJECTIFS

- Savoir exploiter les ressources bioinformatiques publiques pour mener une analyse de séquences
- Savoir utiliser les logiciels de prédiction de gènes et d'annotation de protéines

PUBLIC

Chercheurs, ingénieurs ou techniciens en biologie et santé

PRÉREQUIS

Être familier avec le travail sur ordinateur (navigateur internet, traitement de texte)

PROGRAMME

- Présentation des banques de données généralistes nucléotidiques et protéiques avec leurs systèmes d'interrogation (Genbank, RefSeq, Uniprot, PDB...)
- Recherche d'homologie avec BLAST
- Annotation structurale de séquences génomiques : prédiction de séquences codantes et de gènes (Genescan, Genemark), analyse de la structure fine des gènes, conception d'amorces (Primer3), formats d'annotation
- Annotations structurale et fonctionnelle de protéines : recherche des domaines protéiques (InterProScan), classification fonctionnelle des protéines (GO, Kegg...), visualisation

Alternance de cours (50 %) et de travaux pratiques (50 %) sur ordinateurs (utilisation de logiciels libres accessibles en ligne)

Ce stage peut être poursuivi par un stage de perfectionnement "Bioinformatique : alignement et comparaison de séquences nucléiques et protéiques" (Réf. 20298, ce catalogue)

EQUIPEMENT

Un ordinateur sera mis à la disposition de chaque stagiaire.

INTERVENANTS

F. Bonardi, J.-P. Meneboo et P. Pericard (ingénieurs)

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