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Bioinformatique : alignement et comparaison de séquences nucléiques et protéiques

Environnement scientifique et technique de la formation

Centre de recherche en informatique, signal et automatique de Lille - UMR 9189

RESPONSABLE

Hélène TOUZET

Directrice de recherche

UMR 9189

LIEU

VILLENEUVE D'ASCQ (59)

ORGANISATION

2 jours
De 5 à 10 stagiaires

COÛT PÉDAGOGIQUE

900 Euros

A L'ISSUE DE LA FORMATION

Evaluation de la formation par les stagiaires
Envoi d'une attestation de formation

DATE DU STAGE

20298 : du jeudi 17/09/2020 au vendredi 18/09/2020

Janvier Février Mars Avril
Mai Juin Juillet Août
Sept.
20298
Oct. Nov. Déc.

OBJECTIFS

- Découvrir les différents types d'alignement pour les séquences protéiques et nucléiques
- Savoir construire, analyser et exploiter des alignements de séquences nucléotidiques ou protéiques
- Comprendre les paramètres des logiciels utilisés

PUBLIC

Chercheurs, ingénieurs ou techniciens en biologie et santé

PRÉREQUIS

Être familier avec le travail sur ordinateur (navigateur internet, traitement de texte)
Notions de bioinformatique : avoir suivi le stage "Analyse bioinformatique des séquences nucléiques et protéiques" (Réf. 20297, ce catalogue) ou niveau équivalent

PROGRAMME

- Historique, typologie et applications de l'alignement
- Système de scores, matrices de similarité (PAM, BLOSUM), qualité d'un score
- Alignements deux à deux : les différents types d'alignement (alignement local, alignement global, alignements splicés), introduction des méthodes algorithmiques (Smith-Waterman), comparaison avec le dot plot, avec BLAST, comparaison de génomes (Mauve)
- Alignements multiples (Clustal Omega, Muscle) et exemples d'application à la recherche de motifs et à la phylogénie

Alternance de cours (50 %) et de travaux pratiques (50 %) sur ordinateurs (utilisation de logiciels libres accessibles en ligne)

EQUIPEMENT

Un ordinateur sera mis à la disposition de chaque stagiaire.

INTERVENANTS

F. Bonardi, J.-P. Meneboo et P. Pericard (ingénieurs)

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