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Bioinformatique pour la métagénomique

RESPONSABLE

Eric RIVALS

Directeur de recherche

UMR 5506

LIEU

MONTPELLIER (34)

ORGANISATION

2,5 jours
De 8 à 12 stagiaires

COÛT PÉDAGOGIQUE

1200 Euros

A L'ISSUE DE LA FORMATION

Evaluation de la formation par les stagiaires
Envoi d'une attestation de formation

DATE DU STAGE

20324 : du mercredi 03/06/2020 au vendredi 05/06/2020

Janvier Février Mars Avril
Mai Juin
20324
Juillet Août
Sept. Oct. Nov. Déc.

OBJECTIFS

- Comprendre les principes des méthodes d'analyse : métabarcoding (par séquençage à haut débit) et métagénome (par approche shotgun)
- Comprendre les résultats obtenus, les paramètres et leur impact sur les analyses
- Savoir utiliser les principaux outils d'analyse
- Être autonome pour exécuter un pipeline d'analyse

PUBLIC

Biologistes, professionnels des sciences du vivant ayant besoin d'analyser des données de séquençage, ingénieurs ou chercheurs en bioinformatique, bioanalystes

PRÉREQUIS

- Notions du système linux et des lignes de commande
- Connaissance de base sur les technologies de séquençage
- Niveau master
Afin de vérifier les prérequis, il sera demandé aux candidats stagiaires de compléter un formulaire au moment de la pré-inscription.

PROGRAMME

Pour étudier la biodiversité dans l'environnement (mer, sol, microbiote intestinal, air, etc.) les approches par séquençage haut débit allient une capacité de détection sans précédent, un coût modeste, et la précision de l'identification par la séquence d'ADN. Ces approches, communément dénommées par le terme de métagénomique, demandent une analyse bioinformatique complexe et intensive des séquences obtenues. L'objectif de cette formation est d'apporter les bases conceptuelles et pratiques de l'analyse bioinformatique d'ADN environnemental, et l'expérience d'utilisation d'un pipeline aux participant(e)s. La formation couvrira les deux principales approches que sont le métabarcoding et le métagénome. La majorité des concepts et méthodes s'appliquent également en méta-transcriptomique.

- Manipulation des fichiers de séquences : préparation et filtration
- Evaluation de la qualité des données
- Liste des espèces présentes dans l'échantillon
- Evaluation de la diversité, même en présence d'espèces non identifiées
- Recherche de traits écologiques, aspects fonctionnels
- Visualisation des résultats

Alternance de cours (40 % du temps) et de travaux dirigés (60 % du temps)

EQUIPEMENT

Postes de travail sous linux avec logiciels installés

INTERVENANT

E. Rivals, J. Ripoll et. B Linard (chercheurs)

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