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Analyses bioinformatiques avec Python

RESPONSABLE

Macha NIKOLSKI

Directrice de recherche

UMR 5800

LIEU

BORDEAUX (33)

ORGANISATION

4 jours
De 7 à 12 stagiaires
2 intervenants en simultané pour les TD

COÛT PÉDAGOGIQUE

1500 Euros

A L'ISSUE DE LA FORMATION

Evaluation de la formation par les stagiaires
Envoi d'une attestation de formation

DATES DU STAGE

20327 : du mardi 02/06/2020 au vendredi 05/06/2020

20328 : du mardi 17/11/2020 au vendredi 20/11/2020

Janvier Février Mars Avril
Mai Juin
20327
Juillet Août
Sept. Oct. Nov.
20328
Déc.

OBJECTIFS

- Savoir mener des analyses standards en bioinformatique avec Python et Biopython
- Accéder à l'information disponible dans les ressources en ligne à partir d'un script Python
- Être capable d'enrichir les résultats en utilisant des bases de données
- Apprendre à se servir des librairies Python pour présenter graphiquement ses résultats

PUBLIC

Scientifiques et biologistes (ingénieurs et chercheurs) qui souhaiteraient se former aux procédures standards utilisées en bioinformatique avec Python

PRÉREQUIS

Avoir des notions en programmation et savoir utiliser un environnement Linux en mode ligne de commande. Il est souhaitable d'avoir déjà utilisé le langage Python

PROGRAMME

Cette formation introduira notamment les librairies Biopython, Numpy, Pandas et Matplotlib permettant la manipulation et l'analyse de données biologiques ainsi que la visualisation des résultats d'analyse.

- Rappels des concepts du langage Python
- Agrégation d'informations sur des gènes d'intérêts (recherche dans les bases de données, alignements multiples, annotation, phylogénie, etc.)
- Analyse des données de séquençage ADN (NGS) (prétraitement, annotation, analyse de résultats d'alignement et/ou SNP calling)
- L'analyse d'expression différentielle à partir de données RNA-seq ou protéomique
- Les méthodes d'enrichissement de résultats
- Les outils de visualisation de résultats et de génération de figures

Alternance de courtes présentations (50 % du temps) suivies de travaux pratiques basés sur des jeux de données réels ou simulés (50 % du temps)

EQUIPEMENT

Il est conseillé de venir avec son propre ordinateur portable.

INTERVENANTS

B. Dartigues (ingénieur) et E. Bouilhol (chercheur)

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