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Analyse avancée de séquences

RESPONSABLE

Macha NIKOLSKI

Directrice de recherche

UMR 5800

LIEU

BORDEAUX (33)

ORGANISATION

3 jours
De 6 à 15 stagiaires
2 intervenants en simultané pour les TD

COÛT PÉDAGOGIQUE

1200 Euros

A L'ISSUE DE LA FORMATION

Evaluation de la formation par les stagiaires
Envoi d'une attestation de formation

DATE DU STAGE

18307 : du mardi 16/10/2018 au jeudi 18/10/2018

Janvier Février Mars Avril
Mai Juin Juillet Août
Sept. Oct.
18307
Nov. Déc.

OBJECTIFS

- Savoir rechercher des informations dans les banques de données
- Maitriser les outils d'analyse de séquences tels que les alignements et savoir interpréter les résultats
- Maitriser les formats et les analyses des nouvelles données issues du séquençage (NGS)
- Savoir utiliser l'environnement Galaxy

PUBLICS

Ingénieurs et chercheurs

Afin d'adapter au mieux le contenu de la formation aux attentes des stagiaires, il leur est demandé de compléter et de renvoyer le questionnaire téléchargeable ICI.

PRÉREQUIS

Aucun

PROGRAMME

Jour 1
- Organisation des banques de données publiques
- Recherche d'information dans les banques de données publiques
- Premier pas avec Galaxy
- Comparaison et alignement multiple de séquences
- Notions de familles de protéines et domaines fonctionnels

Jour 2
- Etat de l'art du séquençage haut débit
- Formats et manipulation des données NGS

Jour 3
- Analyse avancée à partir de données NGS
- Après-midi : les stagiaires sont invités à apporter leurs données qui seront utilisées à des fins pédagogiques pour les exercices

Alternance de cours (10 h) et de travaux dirigés (10 h)

EQUIPEMENT

Il est conseillé de venir avec son propre ordinateur portable.

INTERVENANTS

A. Barré, B. Dartigues (ingénieurs) et R. Uricaru (maître de conférences)

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