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Analyse bioinformatique des séquences nucléiques et protéiques

Environnement scientifique et technique de la formation

Institut de biologie intégrative de la cellule - UMR 9198

RESPONSABLES

Christian FONDRAT

Ingénieur

UMR 9198

Olivier LESPINET

Maître de conférences

UMR 9198

LIEU

PARIS (75)

ORGANISATION

3 jours
De 5 à 10 stagiaires

COÛT PÉDAGOGIQUE

1070 Euros

A L'ISSUE DE LA FORMATION

Evaluation de la formation par les stagiaires ; attestation de formation

DATE DU STAGE

17006 : du mercredi 20/09/2017 au vendredi 22/09/2017

Janvier Février Mars Avril
Mai Juin Juillet Août
Sept.
17006
Oct. Nov. Déc.

OBJECTIF

- Appréhender l'outil informatique dans le domaine de la biologie moléculaire, en particulier pour l'utilisation des bases de données et l'identification de caractéristiques biologiques simples

PUBLIC

Chercheurs, ingénieurs, assistants ingénieurs

PRÉREQUIS

Avoir une pratique minimum des moyens informatiques courants (ordinateurs PC ou Macintosh)

PROGRAMME

L'enseignement comprend des exposés théoriques suivis d'exercices pratiques effectués directement sur ordinateurs PC ou Macintosh connectés au réseau Internet.

Exposés et exercices (50 - 50 % du temps)
- Rappel de notions élémentaires sur les réseaux en particulier les services liés à l'internet :
. moteur de recherche, Telnet et FTP, navigateurs...
- Les principales bases de données de séquences biologiques :
. les bases généralistes, les bases spécialisées
- Les divers modes de consultation des bases de données (SRS, Entrez... )
- Traduction de séquences, carte de restriction, recherche de parties codantes...
- Manipulation de programmes plus complexes : recherche de motifs ou de signaux, recherche de similitudes entre séquences ou avec les banques de données
- Une application pour les séquences nucléiques : identification de primers pour la PCR
- Une application pour les séquences protéiques : identification de structures secondaires

Etudes de cas : en fin de stage, une demi-journée sera consacrée à l'examen de problématiques rencontrées par les stagiaires sur l'analyse de leurs séquences.

Ce stage constitue une bonne préparation au stage " Bioinformatique : perfectionnement dans la recherche de similitudes entre séquences et identification de caractéristiques biologiques " (Réf. 17191, ce catalogue).

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