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Fouille de données et analyses NGS avec le langage R

RESPONSABLE

Macha NIKOLSKI

Directrice de recherche

UMR 5800

LIEU

BORDEAUX (33)

ORGANISATION

4 jours
De 6 à 15 stagiaires
2 intervenants en simultané pour les TD

COÛT PÉDAGOGIQUE

1440 Euros

A L'ISSUE DE LA FORMATION

Evaluation de la formation par les stagiaires
Envoi d'une attestation de formation

DATE DU STAGE

17249 : du lundi 20/11/2017 au jeudi 23/11/2017

Janvier Février Mars Avril
Mai Juin Juillet Août
Sept. Oct. Nov.
17249
Déc.

OBJECTIFS

- Savoir manipuler et visualiser de grands ensembles de données biologiques
- Analyser et aligner des séquences venant de reads NGS
- Déterminer les ARNs messagers différentiellement exprimés à l'aide de données RNA-Seq
- Enrichir les résultats en utilisant des bases de connaissances

PUBLICS

- Ingénieurs, techniciens biologistes et bioinformaticiens de formation
- Toute personne souhaitant " exploiter " ses données NGS ou évaluer et reproduire les analyses présentées dans les publications scientifiques

PRÉREQUIS

Avoir des bases d'utilisation de lignes de commande

PROGRAMME

Cette formation introduira le langage R, les techniques de fouille et de visualisation de données, ainsi que les paquetages Bioconductor permettant l'analyse de données issues du séquençage nouvelle génération.

- Le langage R et ses commandes essentielles
- Les formats de fichiers, la lecture et l'écriture de données tabulées
- Les outils de manipulation et de transformation de grands tableaux
- Les outils d'annotation et de conversion d'identifiants biologiques (biomart)
- Les outils de visualisation de données
- Brève introduction aux techniques NGS
- L'alignement de séquences NGS
- L'analyse d'expression différentielle (paquetage edgeR)
- Les techniques d'enrichissement (DAVID, GO, SPIA)

Dernière demi-journée consacrée à un atelier pédagogique d'analyse et de réflexion sur les données apportées par les stagiaires

Alternance de courtes présentations (20 % du temps) suivies de travaux pratiques basés sur des jeux de données réels (80 % du temps).

EQUIPEMENT

Il est conseillé de venir avec son propre ordinateur portable.

INTERVENANTS

H. Soueidan (chercheur) et A. Barré (ingénieur)

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