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Analyse avancée de séquences

RESPONSABLE

Macha NIKOLSKI

Directrice de recherche

UMR 5800

LIEU

BORDEAUX (33)

ORGANISATION

3 jours
De 6 à 15 stagiaires
2 intervenants en simultané pour les TD

COÛT PÉDAGOGIQUE

1200 Euros

A L'ISSUE DE LA FORMATION

Evaluation de la formation par les stagiaires
Envoi d'une attestation de formation

DATES DU STAGE

17012 : du mardi 06/06/2017 au jeudi 08/06/2017

17248 : du lundi 16/10/2017 au mercredi 18/10/2017

Janvier Février Mars Avril
Mai Juin
17012
Juillet Août
Sept. Oct.
17248
Nov. Déc.

OBJECTIFS

- Savoir rechercher des informations dans les banques de données
- Maîtriser les outils d'analyse de séquences tels que les alignements et savoir interpréter les résultats
- Maîtriser les stratégies d'annotation de génomes bactériens
- Maîtriser les formats et les analyses des nouvelles données issues du séquençage (NGS)
- Prendre en main l'outil Galaxy

PUBLICS

Ingénieurs et chercheurs
Afin d'adapter au mieux le contenu de la formation aux attentes des stagiaires, il leur est demandé de compléter et de renvoyer le questionnaire téléchargeable ICI.

PRÉREQUIS

Aucun

PROGRAMME

1er jour
- Organisation des banques de données publiques
- Recherche d'information dans des banques de données
- Comparaison et alignement multiple de séquences
- Familles de protéines et domaines fonctionnels
2ème jour
- Stratégie et enjeux de l'annotation de génomes
- Découverte des logiciels de prédiction
- Découverte des plateformes d'annotation en ligne
- Annotation d'un génome
3ème jour
- Etat de l'art du séquençage haut débit
- Formats et manipulation des données NGS
- Analyse avancée à partir de données NGS

Une partie des analyses sera effectuée dans l'environnement Galaxy.

Les stagiaires sont invités à apporter leurs données qui seront utilisées, à des fins pédagogiques, pour les exercices de la dernière demi-journée.

Alternance de cours (10 h) et de travaux dirigés (10 h)

EQUIPEMENT

Il est conseillé de venir avec son propre ordinateur portable.

INTERVENANTS

A. Barré, B. Dartigues (ingénieurs) et R. Uricaru (maître de conférences)

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