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Bioinformatique : perfectionnement dans la recherche de similitudes entre séquences et identification de caractéristiques biologiques

Environnement scientifique et technique de la formation

Institut de biologie intégrative de la cellule - UMR 9198

RESPONSABLES

Christian FONDRAT

Ingénieur

UMR 9198

Olivier LESPINET

Maître de conférences

UMR 9198

LIEU

PARIS (75)

ORGANISATION

2 jours
De 5 à 10 stagiaires

COÛT PÉDAGOGIQUE

720 Euros

A L'ISSUE DE LA FORMATION

Evaluation de la formation par les stagiaires ; attestation de formation

DATE DU STAGE

17191 : du jeudi 07/12/2017 au vendredi 08/12/2017

Janvier Février Mars Avril
Mai Juin Juillet Août
Sept. Oct. Nov. Déc.
17191

OBJECTIFS

- Approfondir ses connaissances théoriques et pratiques en bioinformatique
- Maîtriser le paramétrage et l'exploitation des résultats dans les programmes de comparaison de séquences

PUBLICS

Chercheurs, ingénieurs, assistants ingénieurs

Afin que le contenu du stage soit le mieux adapté aux attentes des stagiaires, ceux-ci sont invités à compléter et renvoyer avant le début du stage le formulaire téléchargeable ICI.

PRÉREQUIS

- Etre familiarisé dans la manipulation de logiciels d'analyse de séquences
- Avoir suivi par exemple le stage " Analyse bioinformatique des séquences nucléiques et protéiques " (Réf. 17006, ce catalogue) ou avoir un niveau équivalent

PROGRAMME

L'enseignement comprend des exposés théoriques suivis d'exercices pratiques effectués directement sur ordinateurs PC ou Macintosh connectés au réseau Internet.

Exposés et exercices (50 - 50 % du temps)
- Rappels sur les bases de données
- Présentation des principes de base dans les programmes de comparaison de séquences :
. l'identité, la similitude, l'alignement
- L'estimation des résultats
- Les programmes de comparaison entre deux séquences
- Les programmes de comparaison entre une séquence et une base de données :
. les standards BLAST et FASTA
- Les programmes d'alignements multiples
- Les notions de profil et de consensus
- L'exploitation biologique des résultats
- Application pour l'identification de motifs conservés entre séquences.

Les stagiaires sont invités à emmener leurs données pour en discuter en fin de stage (2 h).

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