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Python pour la biologie

RESPONSABLE

Macha NIKOLSKI

Directrice de recherche

UMR 5800

LIEU

BORDEAUX (33)

ORGANISATION

4 jours
De 7 à 12 stagiaires
2 intervenants en simultané pour les TD

COÛT PÉDAGOGIQUE

1300 Euros

A L'ISSUE DE LA FORMATION

Evaluation de la formation par les stagiaires
Envoi d'une attestation de formation

DATE DU STAGE

17266 : du mardi 09/05/2017 au vendredi 12/05/2017

Janvier Février Mars Avril
Mai
17266
Juin Juillet Août
Sept. Oct. Nov. Déc.

OBJECTIFS

- Etre capable de maintenir et développer de façon collaborative une application d'analyse de données biologiques en Python
- Savoir écrire des scripts simples avec le langage Python
- Savoir gérer de manière collaborative un projet avec Git
- Savoir manipuler les structures de données
- Comprendre les modules en Python
- Etre capable de mener des analyses bioinformatiques avec Biopython

PUBLIC

Ingénieurs et chercheurs. Biologistes et chimistes de formation souhaitant s'initier à la programmation pour la bioinformatique

PRÉREQUIS

Aucun prérequis en matière de programmation. Le stage s'effectuera sous Linux en mode ligne de commande. Savoir utiliser un éditeur de texte est conseillé.

PROGRAMME

Cette formation introduira le langage Python, l'outil de gestion de projet Git ainsi que le module BioPython permettant l'analyse de données biologiques. L'objectif est qu'à l'issue du stage, les participants soient capables de maintenir et développer de façon collaborative une application d'analyse de données biologiques en Python.

- Le langage Python et ses commandes essentielles
- Le logiciel Git de gestion de version
- Les structures de données en Python
- Approche des classes et de la programmation objet
- Les modules en Python
- Le module Biopython

Programme détaillé téléchargeable ICI

Alternance de cours (50 %) et travaux pratiques et dirigés (50 %)

INTERVENANTS

B. Dartigues et A. Miniussi (ingénieurs)

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