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Clarification pour l'imagerie tridimensionnelle d'objets biologiques complexes

Environnement scientifique et technique de la formation

Institut de biologie Paris-Seine - FR 3631

RESPONSABLES

Susanne BOLTE

Ingénieure de recherche

FR 3631

Christelle LANGEVIN

Chargée de recherche

UR0892

Pierre AFFATICATI

Ingénieur de recherche

UMR 9197

LIEU

PARIS (75)

ORGANISATION

4 jours
De 7 à 12 stagiaires
TP en sous-groupes de 3 stagiaires maximum avec 1 intervenant par sous-groupe

COÛT PÉDAGOGIQUE

1600 Euros

A L'ISSUE DE LA FORMATION

Evaluation de la formation par les stagiaires
Envoi d'une attestation de formation

DATE DU STAGE

19001 : du mardi 25/06/2019 au vendredi 28/06/2019

Janvier Février Mars Avril
Mai Juin
19001
Juillet Août
Sept. Oct. Nov. Déc.

OBJECTIFS

- Connaître les nouvelles approches de préparation d'échantillons fixés pour l'imagerie 3D : de l'embryon aux organes et tissus
- Savoir identifier les techniques pertinentes d'immuno-marquage, de clarification et de montage d'échantillons épais
- Connaître les contraintes de l'imagerie de tissus complexes : grands volumes, à haute résolution et en profondeur
- Connaître et savoir mettre en pratique les spécificités des microscopies confocales, biphotoniques et à feuille de lumière pour les échantillons complexes
- Savoir visualiser, traiter et analyser les données 3D
- Etre sensibilisé à la gestion des données d'imagerie

PUBLICS

Chercheurs, ingénieurs, techniciens
Afin d'adapter le contenu du stage aux attentes des stagiaires, un questionnaire téléchargeable ICI devra être complété et renvoyé au moment de l'inscription.

Prérequis : expérience nécessaire en microscopie photonique

PROGRAMME

Cours et tables rondes (50 % du temps)
- Introduction : pourquoi la clarification pour l'imagerie de tissus épais ? Importance du choix de la méthode de clarification selon la nature des échantillons et les techniques de microscopie envisagées
- Spécificité des microscopies confocales, biphotoniques et à feuille de lumière pour les échantillons complexes (physique de l'instrument, acquisition pour l'imagerie tridimensionelle, contraintes d'imagerie en profondeur)
- Introduction aux techniques d'immuno-marquage, de clarification et de montage des échantillons épais en milieu de clarification
- Préparation des échantillons biologiques fixés
- Imagerie d'échantillons transparisés : choix des objectifs (macro / micro)
- Visualisation, traitement et analyse d'images 3D appliqués à la microscopie
- Gestion de données
- Tables rondes ; pratique de la clarification en plateforme, montage d'échantillons

Travaux pratiques (50 % du temps)
Un cycle de travaux pratiques (préparation d'échantillons, acquisition d'images et visualisation, traitement et analyse d'images) sur 16 heures permettra de renforcer le lien entre théorie et applications, de reconnaître les éléments mis en œuvre, d'acquérir des images, de les traiter et de les analyser. 

EQUIPEMENT

Microscopes confocaux Leica SP5 et SP8, Biphoton Leica SP8, ultramicroscope LaVision Biotech

INTERVENANTS

N. Renier, A. Jenett, W. Supatto, A. Chédotal (chercheurs), D. Godefroy (ingénieur) et W. Bormuth (maître de conférences)
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