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Analyse avancée de séquences

RESPONSABLE

Macha NIKOLSKI

Directrice de recherche

UMR 5800

LIEU

BORDEAUX (33)

ORGANISATION

3 jours
De 6 à 15 stagiaires
2 intervenants en simultané pour les TD

COÛT PÉDAGOGIQUE

1200 Euros

A L'ISSUE DE LA FORMATION

Evaluation de la formation par les stagiaires
Envoi d'une attestation de formation

DATES DU STAGE

19019 : du mardi 14/05/2019 au jeudi 16/05/2019

19275 : du mardi 29/10/2019 au jeudi 31/10/2019

Janvier Février Mars Avril
Mai
19019
Juin Juillet Août
Sept. Oct.
19275
Nov. Déc.

OBJECTIFS

- Savoir rechercher des informations dans les banques de données
- Maîtriser les outils d'analyse de séquences tels que les alignements et savoir interpréter les résultats
- Maîtriser les formats et les analyses des nouvelles données issues du séquençage (NGS)
- Savoir utiliser l'environnement Galaxy

PUBLICS

Ingénieurs et chercheurs

Afin d'adapter le contenu du stage aux attentes des stagiaires, un questionnaire téléchargeable ICI devra être complété et renvoyé au moment de l'inscription.

PRÉREQUIS

Aucun

PROGRAMME

1er jour
- Organisation des banques de données publiques
- Recherche d'information dans les banques de données publiques
- Premier pas avec Galaxy
- Comparaison et alignement multiple de séquences
- Notions de familles de protéines et domaines fonctionnels

2ème jour
- Etat de l'art du séquençage haut débit
- Formats et manipulation des données NGS

3ème jour
- Analyse avancée à partir de données NGS
- Après-midi : les stagiaires sont invités à apporter leurs données qui seront utilisées à des fins pédagogiques pour les exercices.

Alternance de cours (10 h) et de travaux dirigés (10 h)

EQUIPEMENT

Il est conseillé de venir avec son propre ordinateur portable.

INTERVENANTS

A. Barré, B. Dartigues (ingénieurs) et R. Uricaru (maître de conférences)
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