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Analyses NGS avec R

RESPONSABLE

Macha NIKOLSKI

Directrice de recherche

UMR 5800

LIEU

BORDEAUX (33)

ORGANISATION

2 jours
De 6 à 15 stagiaires
2 intervenants en simultané pour les TD

Si inscription simultanée aux sessions 20029 et 20030 : 1550 € au lieu de 1800€ pour les deux stages

COÛT PÉDAGOGIQUE

900 Euros

A L'ISSUE DE LA FORMATION

Evaluation de la formation par les stagiaires
Envoi d'une attestation de formation

DATE DU STAGE

20294 : du jeudi 03/12/2020 au vendredi 04/12/2020

Janvier Février Mars Avril
Mai Juin Juillet Août
Sept. Oct. Nov. Déc.
20294
OBJECTIFS
-

Savoir analyser des séquences venant de reads NGS


-

Savoir déterminer les ARN messagers différentiellement exprimés à l'aide de données RNA-seq


-

Être capable d'enrichir les résultats en utilisant des bases de connaissances

PUBLICS
- Ingénieurs, techniciens biologistes et bioinformaticiens de formation
- Toute personne souhaitant "exploiter" des données NGS ou évaluer et reproduire les analyses présentées dans les publications scientifiques
PRÉREQUIS
Maîtrise du langage R
Avoir suivi le stage "Langage R : introduction" (Réf. 20029, ce catalogue) ou niveau équivalent.
Afin de vérifier que votre maîtrise du langage R est suffisante pour pouvoir suivre ce stage, nous vous invitons à effectuer et à renvoyer le test téléchargeable ICI.
PROGRAMME
Cette formation introduira les paquetages Bioconductor permettant l'analyse de données issues du séquençage nouvelle génération.

- Rappels des concepts du séquençage NGS
- Les outils d'annotation et de conversion d'identifiants
- L'analyse des reads et du résultat d'alignement
- L'analyse d'expression différentielle en RNA-seq
- Les techniques d'enrichissement
- Les outils de visualisation pour les NGS

La fin du stage (2 h) sera consacrée à un atelier pédagogique d'analyse et de réflexion sur les données apportées par les stagiaires

Alternance de courtes présentations (50 % du temps) suivies de travaux pratiques basés sur des jeux de données réels (50 % du temps).
EQUIPEMENT
Il est conseillé de venir avec son propre ordinateur portable.
INTERVENANTS
K. Hooks, J. Rudewicz (chercheurs) et A. Barré (ingénieur)
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