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Bioinformatique pour le traitement de données de séquençage (NGS)

Environnement scientifique et technique de la formation

Laboratoire de biométrie et biologie évolutive

- UMR 5558
RESPONSABLE

Annabelle HAUDRY

Maîtresse de conférences

UMR 5558

LIEU

LYON (69)

ORGANISATION

5 jours
De 9 à 12 stagiaires
TD / TP encadrés par 1 intervenant pour 4 stagiaires maximum

COÛT PÉDAGOGIQUE

2100 Euros

A L'ISSUE DE LA FORMATION

Evaluation de la formation par les stagiaires
Envoi d'une attestation de formation

DATE DU STAGE

20031 : du lundi 14/09/2020 au vendredi 18/09/2020

Janvier Février Mars Avril
Mai Juin Juillet Août
Sept.
20031
Oct. Nov. Déc.
OBJECTIFS
-

Comprendre les principes des méthodes d'analyse de données de séquençage à haut débit


-

Comprendre les paramètres des méthodes et leur impact sur les résultats


-

Apprendre à identifier les outils d'analyse en fonction du jeu de données


-

Être autonome pour utiliser un pipeline d'analyse


-

Savoir manipuler les fichiers de séquences : extraction, préparation, filtrage / nettoyage


-

Savoir évaluer la qualité des données


-

Savoir analyser des données de séquençage de génomes (avec ou sans génome de référence)


-

Savoir analyser des données d'expression (avec ou sans génome de référence)

PUBLICS
- Biologistes, professionnels des sciences du vivant ayant besoin d'analyser des données de séquençage
- Ingénieurs ou chercheurs en bioinformatique, bioanalystes
Afin de vérifier l'adéquation du contenu aux attentes des stagiaires, il sera demandé aux candidats stagiaires de renvoyer un questionnaire téléchargeable ICI .
PRÉREQUIS
- Notions de base en informatique (fichiers, répertoires...) ; connaissances de base sur le séquençage à haut débit
- Niveau master
PROGRAMME
- Linux : commandes de base
- Les données NGS : fichiers, manipulations de base
- Mapping : algorithmes, outils et pratiques
- Identification de variants génomiques (par comparaison à un génome de référence) à grande échelle : méthodes et applications
- Assemblage de génomes de novo (sans génome de référence) : méthodes et applications
- Transcriptomique :
. prédiction de variants d'épissage, analyse d'expression différentielle
. assemblage d'un transcriptome de novo (sans génome de référence)

Voir le programme détaillé téléchargeable ICI.


Alternance de cours (10 h) et de TD / TP (25 h)
EQUIPEMENT
Il sera mis à disposition de chaque stagiaire un ordinateur sous Linux avec les logiciels nécessaires à la formation pré-installés.
INTERVENANTS
A. El Filali (ingénieur), A. Haudry, V. Lacroix (maîtres de conférences), A. Necsulea et G. Perrière (chercheurs)
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