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ImageJ / FIJI : traitement et analyse d'images de microscopie

Environnement scientifique et technique de la formation

Institut de biologie intégrative de la cellule

- UMR 9198
RESPONSABLES

Romain LE BARS

Ingénieur de recherche

UMR 9198

Laetitia BESSE

Ingénieure d'études

UMR 9198

LIEU

GIF SUR YVETTE (91)

ORGANISATION

3 jours
De 4 à 10 stagiaires
Formation encadrée par 1 intervenant pour 5 stagiaires maximum

COÛT PÉDAGOGIQUE

1100 Euros

A L'ISSUE DE LA FORMATION

Evaluation de la formation par les stagiaires
Envoi d'une attestation de formation

DATES DES SESSIONS

Les informations indiquées pour cette page sont valables pour la première session à venir.
Avant de s'inscrire à une autre session, télécharger son programme car des modifications mineures peuvent y avoir été apportées.

20193 : du lundi 16/11/2020 au mercredi 18/11/2020

21194 : du lundi 15/11/2021 au mercredi 17/11/2021

2020
Janvier Février Mars Avril
Mai Juin Juillet Août
Sept Oct Nov
20193
Déc
2021
Janvier Février Mars Avril
Mai Juin Juillet Août
Sept Oct Nov
21194
Déc
OBJECTIFS
-

Maîtriser le logiciel ImageJ afin de pouvoir visualiser et mettre en forme un grand nombre de types de données d'imagerie (images multi-couleurs, séries temporelles, données tridimensionnelles)


-

Acquérir les bases permettant de traiter des images et de les analyser afin de générer des données quantifiables de manière automatique

PUBLIC
Chercheurs, ingénieurs, techniciens
PRÉREQUIS
Avoir des bases de microscopie photonique
PROGRAMME
- Introduction à l'analyse d'image et à ImageJ / FIJI :
. rappels sur l'acquisition des images en microscopie
. présentation et prise en main des logiciels ImageJ et FIJI
. visualisation d'images simples ou à plusieurs dimensions (x, y, z, temps, multiples couleurs...)
- Traitement d'images :
. traitement des images post-acquisition
. mise en forme des images pour publication
- Analyse d'images :
. quantification de signaux fluorescents
. détection automatique d'objets et étude morphologique
. notions de colocalisation
- Découverte du langage macro :
. initiation au langage macro
. automatisation de tâches simples

Cours interactifs (50 %) et travaux dirigés (50 %) animés par un intervenant pour 5 stagiaires maximum
EQUIPEMENT
Un ordinateur sera mis à disposition de chaque stagiaire.