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Phylogénie moléculaire - formation avancée

RESPONSABLE

Stéphane GUINDON

Chargé de recherche

UMR 5506

LIEU

MONTPELLIER (34)

ORGANISATION

3 jours
De 8 à 12 stagiaires
TP encadrés par 2 intervenants

COÛT PÉDAGOGIQUE

1200 Euros

A L'ISSUE DE LA FORMATION

Evaluation de la formation par les stagiaires
Envoi d'une attestation de formation

DATES DES SESSIONS

Les informations indiquées pour cette page sont valables pour la première session à venir.
Avant de s'inscrire à une autre session, télécharger son programme car des modifications mineures peuvent y avoir été apportées.

20287 : du mardi 06/10/2020 au jeudi 08/10/2020

21020 : du mardi 05/10/2021 au jeudi 07/10/2021

2020
Janvier Février Mars Avril
Mai Juin Juillet Août
Sept Oct
20287
Nov Déc
2021
Janvier Février Mars Avril
Mai Juin Juillet Août
Sept Oct
21020
Nov Déc
OBJECTIF
-

Être capable de tester des hypothèses et d'ajuster des modèles permettant de comprendre l'évolution à l'échelle moléculaire

PUBLICS
Chercheurs et ingénieurs

Afin d'adapter le contenu du stage aux attentes des stagiaires, un questionnaire téléchargeable ICI devra être complété et renvoyé au moment de l'inscription.
PRÉREQUIS
- Avoir déjà utilisé les logiciels de base en phylogénie moléculaire
- Maîtriser les notions de base en statistiques (tests statistiques, principe du bootstrap, intervalles de confiances, etc.) et de probabilités (probabilités jointes / conditionnelles, théorème de Bayes, etc.)
- Maîtriser un langage de programmation
- Notions de phylogénie moléculaire
Avoir suivi le stage "Phylogénie moléculaire - formation de base" ou niveau équivalent
PROGRAMME
- Phylogénétique et génétique des populations
- Détection de sélection positive au sein de séquences codantes
- Datation moléculaire : intégrer fossiles et molécules
- Phylogénomique
- Super-arbres et super-matrices, réconciliations d'arbres
- Visualisation de l'information en phylogénie
- Placement phylogénétique
- Bases d'épidémiologie (modèles en compartiments, ODE, applications, etc)
- Simulations selon une variété de modèles épidémiologiques
- Phylodynamique : combiner épidémiologie et évolution

Alternance de cours (9 h) et de TD / TP (9 h)

Programme détaillé téléchargeable ICI

Ce programme pourra être ajusté en fonction du profil des participants.
EQUIPEMENT
Un ordinateur sera mis à disposition de chaque stagiaire.
INTERVENANTS
B. Linard, S. Guindon (chercheurs), E. Douzery (professeur) et V. Lefort (ingénieur)