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Bioinformatique : alignement et comparaison de séquences nucléiques et protéiques

Environnement scientifique et technique de la formation

Centre de recherche en informatique, signal et automatique de Lille

- UMR 9189
RESPONSABLE

Hélène TOUZET

Directrice de recherche

UMR 9189

LIEU

VILLENEUVE D'ASCQ (59)

ORGANISATION

2 jours
De 5 à 10 stagiaires

COÛT PÉDAGOGIQUE

900 Euros

A L'ISSUE DE LA FORMATION

Evaluation de la formation par les stagiaires
Envoi d'une attestation de formation

DATES DES SESSIONS

Les informations indiquées pour cette page sont valables pour la première session à venir.
Avant de s'inscrire à une autre session, télécharger son programme car des modifications mineures peuvent y avoir été apportées.

20298 : du jeudi 17/09/2020 au vendredi 18/09/2020

21031 : du jeudi 23/09/2021 au vendredi 24/09/2021

2020
Janvier Février Mars Avril
Mai Juin Juillet Août
Sept
20298
Oct Nov Déc
2021
Janvier Février Mars Avril
Mai Juin Juillet Août
Sept
21031
Oct Nov Déc
NOUVEAU
OBJECTIFS
-

Découvrir les différents types d'alignement pour les séquences protéiques et nucléiques


-

Savoir construire, analyser et exploiter des alignements de séquences nucléotidiques ou protéiques


-

Comprendre les paramètres des logiciels utilisés

PUBLIC
Chercheurs, ingénieurs ou techniciens en biologie et santé
PRÉREQUIS
Être familier avec le travail sur ordinateur (navigateur internet, traitement de texte)
Notions de bioinformatique : avoir suivi le stage "Analyse bioinformatique des séquences nucléiques et protéiques" ou niveau équivalent
PROGRAMME
- Historique, typologie et applications de l'alignement
- Système de scores, matrices de similarité (PAM, BLOSUM), qualité d'un score
- Alignements deux à deux : les différents types d'alignement (alignement local, alignement global, alignements splicés), introduction des méthodes algorithmiques (Smith-Waterman), comparaison avec le dot plot, avec BLAST, comparaison de génomes (Mauve)
- Alignements multiples (Clustal Omega, Muscle) et exemples d'application à la recherche de motifs et à la phylogénie

Alternance de cours (50 %) et de travaux pratiques (50 %) sur ordinateurs (utilisation de logiciels libres accessibles en ligne)
EQUIPEMENT
Un ordinateur sera mis à la disposition de chaque stagiaire.
INTERVENANTS
F. Bonardi, J.-P. Meneboo et P. Pericard (ingénieurs)