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Les étapes pratiques et méthodologiques du séquençage de grands fragments ("long reads") d'ADN et/ou d'ARN

Environnement scientifique et technique de la formation

Institut de génomique fonctionnelle de Lyon

- UMR 5242
RESPONSABLES

Benjamin GILLET

Ingénieur de recherche

UMR 5242

Sandrine HUGHES

Chargée de recherche

UMR 5242

LIEU

LYON (69)

ORGANISATION

3 jours
De 4 à 8 stagiaires

MÉTHODES PÉDAGOGIQUES

- Alternance de cours (5 h) et de travaux pratiques et dirigés (12 h)
- TP en binômes avec 1 intervenant pour 2 binômes maximum

COÛT PÉDAGOGIQUE

1800 Euros

A L'ISSUE DE LA FORMATION

Evaluation de la formation par les stagiaires
Envoi d'une attestation de formation

DATE DU STAGE

21271 : du lundi 31/05/2021 au mercredi 02/06/2021

2021
Janvier Février Mars Avril
Mai
21271
Juin Juillet Août
Sept Oct Nov Déc
OBJECTIFS
-

Avoir un état de l'art des technologies de séquençage NGS, en particulier dans le cadre du séquençage de grands fragments


-

Savoir identifier les points limitants avant le développement d'un projet de séquençage NGS


-

Acquérir les compétences pratiques et théoriques pour la réalisation de ses projets NGS


-

Maîtriser les différentes étapes d'un projet de séquençage NGS : de l'extraction des acides nucléiques, à la construction et la validation d'une banque NGS avant séquençage


-

Maîtriser les équipements et les outils pour la quantification et la qualification des acides nucléiques, la sélection de taille, la construction des banques et le séquençage NGS

PUBLICS
Chercheurs, ingénieurs et techniciens s'intéressant au volet pratique du séquençage NGS "grands fragments".
Afin d'adapter le contenu du stage aux attentes des stagiaires, un questionnaire téléchargeable ICI devra être complété et renvoyé au moment de l'inscription.
Prérequis : connaissances de base en biologie moléculaire
PROGRAMME
Module théorique (5 h)
- Les technologies de séquençage Illumina, Pacific Biosciences et Oxford Nanopore Technologies
- Les principales méthodes de construction de banques NGS
- Format des données générées et généralités sur l'analyse primaire des données - cas particulier des données Nanopore
- Potentiel des applications de séquençage (illustrations, exemplifications)
Module pratique (12 h)
- Construction de banques à partir d'ADN et/ou d'ARN pour réaliser du séquençage « grands fragments » (e.g. génomes bactériens, génomes mitochondriaux, métagénomique, transcrits complets...)
- Illustration avec deux protocoles mis en œuvre lors des travaux pratiques
- Production préalable des échantillons (i.e. amplification PCR et/ou extraction des acides nucléiques...) en fonction des protocoles mis en œuvre
- Quantification et qualification des acides nucléiques
- Contrôle qualité de banques avant séquençage
- Séquençage sur séquenceur MinION
- Récupération des données de séquençage et évaluation de la qualité du run

La dernière demi-journée (3 h) sera consacrée à l'analyse de cas exposés par les stagiaires (questions spécifiques, projets propres de séquençage)
EQUIPEMENT
Petit équipement de laboratoire (pipettes, pipet-aid, centrifugeuse...), Thermocycler Veriti, Qubit 4.0, Nanodrop, Tapestation 4150, Séquenceur ONT MinION
INTERVENANTS
B. Gillet (ingénieur), S. Hughes (chercheuse) et autres personnels de la plateforme PSI de l'IGFL