Caractérisation des protéines par spectrométrie de masse en protéomique bottom-up Présentiel

Formation théorique (50 % du temps environ)

• Techniques d'ionisation des macro-biomolécules d'intérêt biologique : ESI, MALDI
• Les analyseurs : TOF, quadripôles, trappes d'ions, hybrides, FT, TOF-TOF, Orbitrap
• La mobilité ionique
• Mesure de masse moléculaire (MS), et séquençage en MS/MS (mode DDA, DIA)
• Peptides, règles de fragmentation, interprétation des spectres, assistance informatique pour l'interprétation (MS/MS)
• Préparation d'échantillon, digestion
• Outils informatiques pour les recherches dans les banques
• Couplage HPLC et nano HPLC
• Introduction à la quantification différentielle par MS (SILAC, TMT, label free)

Travaux pratiques (50 % du temps environ)

• Identification de protéines par spectrométrie de masse : de l'échantillon protéique à son identification par spectrométrie de masse 

Acquérir les bases théoriques et pratiques de la protéomique bottom-up :

• préparation et traitement d'échantillons,
• analyses en spectrométrie de masse,
• obtention et interprétation de spectres MS/MS pour séquençage peptidique,
• identification de protéines et de modifications post-traductionnelles,
• quantification relative de mélanges,
• comparaison des approches analytiques et initiation aux recherches dans les bases de données.

Mise a disposition des supports projetés et d'un cours rédigé sur clé USB.

Equipements :

• Spectrométrie de masse : 2 hybrides nanoESI quadripôle-Orbitrap QExactive et QExactive-HF, 1 tribride nanoESI trappe ionique-Orbitrap-Astral, 1 tribride nanoESI trappe ionique-quadripole Orbitrap Eclipse, 1 source TriVersa NanoMate Advion, 1 MALDI TOF-TOF 5800
• Nano chromatographie en phase liquide : 4 chaînes nano RSLC U3000, une chaine HPLC Vanquish, 1 chaine nanoLC neoVanquish
• Logiciels disponibles : Mascot, Peaks, Byonic, MaxQuant, Proteome Discoverer, myProMS, Perseus, DIANN, Spectronaut, Chimerys