Pipelines et méthodes bioinformatiques pour l'analyse de données de séquençage (NGS) Présentiel
Dernière mise à jour : 24/11/2025
Unité de recherche
Description
1er jour
- Galaxy : utilisation d'un gestionnaire de workflow pour l'analyse de données
- Introduction aux données de séquençage et pré-traitements : évaluation qualité (FastQC, MultiQC), nettoyage (Cutadapt, TrimGalore)
- Mapping pour le DNA-seq (BWA, Bowtie2, formats SAM / BAM)
2ème jour
- Bases de la recherche de variants génomiques : Variant Calling (FreeBayes, format VCF), annotation (SnpEff)
3ème jour
- Assemblage de génome, principes et usages : assemblage Short Reads et Long Reads (Spades, Megahit), évaluation qualité (Quast, KAT)
4ème et 5ème jours
- Analyse RNA-seq : mapping (STAR, Hisat2), pseudo-mapping (Salmon), assemblage (Stringtie, Trinity), recherche de variants de novo (KisSplice), expression différentielle (DESeq2)
Objectifs de la formation
- Identifier les outils d'analyse en fonction du jeu de données
- Analyser de manière autonome des données dans un gestionnaire de workflow comme Galaxy
- Manipuler les fichiers de lecture de séquençage : extraction, préparation, filtrage/nettoyage
- Evaluer la qualité des données de séquençage
- Analyser des données de séquençage de génomes et de RNA-seq (avec ou sans génome de référence) et prendre du recul sur le protocole expérimental
Public visé
Chercheurs, ingénieurs ou techniciens en biologie et santé
Prérequis
Être familier avec le travail sur ordinateur (navigateur internet, traitement de texte)
Connaissances de base sur le séquençage à haut débit
Moyens et supports pédagogiques
Un ordinateur sera mis à la disposition de chaque participant.
Les exercices pratiques de la formation se dérouleront entièrement dans le gestionnaire de workflow Galaxy.
Modalités d'évaluation et de suivi
Un suivi individualisé par des évaluations formatives est assuré. Une attestation de fin de formation est délivrée à la fin du parcours.
Formateurs
CB
CAZAUX Bastien
Responsable scientifique
TH
TOUZET Hélène
Responsable scientifique
Modalités tarifaires spécifiques
Nos formations sont exonérées de TVA. Elles bénéficient de remises volumes : - 5% pour 3-4 inscrits, - 10% pour 5-6 inscrits, et - 20% à partir de 7 personnes. Une réduction de 20% est appliquée pour les agents salariés du CNRS.
Informations sur l'accessibilité
Notre laboratoire est entièrement accessible aux personnes à mobilité réduite (PMR). Un accès adapté, des espaces de circulation et des sanitaires spécifiques sont à votre disposition pour garantir votre confort et votre autonomie. Pour toute information complémentaire, veuillez nous contacter.