Phylogénie moléculaire Présentiel
Dernière mise à jour : 09/02/2026
Unité de recherche
Description
1er jour – Matin
- Tour de table et introduction à la formation
- Concepts généraux
- Modèles de substitution (1ère partie)
- Nucléotides
1er jour – Après-midi
- Modèles de substitution (2nde partie)
- Acides aminés
- Modèles hétérogènes
- Méthodes de distances
- Moindres carrés et minimum d'évolution
- Neighbour-Joining
- Tests de robustesse (1ère partie)
- Bootstrap
2e jour – Matin
- Maximum de vraisemblance
- o Estimation d'une distance évolutive
- o Vraisemblance à un site
- o L'élagage de Felsenstein
- o Vraisemblance d'un arbre
2e jour – Après-midi
- Tests de robustesse (2nde partie)
- LRT, aLRT et SH-aLRT
- Comparaison de topologies
- KH, SH, AU et ELW
3e jour – Matin
- Maximum de vraisemblance (TP)
3e jour – Après-midi
- Approche bayésienne
Objectifs de la formation
- Comprendre les modèles utilisés en phylogénie moléculaire ainsi que les principes et limitations des différentes méthodes de reconstruction
- Appliquer les modèles et les méthodes les plus appropriées en fonction du jeu de données utilisé
- Analyser les résultats par l'interprétation des topologies et des longueurs de branches
- Evaluer la fiabilité des résultats en utilisant des indicateurs tels que le bootstrap ou bien les tests de vraisemblance
Public visé
Chercheurs et ingénieurs (IE/IR) biologistes étant amenés à effectuer des phylogénies.
Prérequis
La formation est destinée à des personnes ayant un niveau de diplôme de M1 minimum. Les prérequis sont : connaissances de base de la biologie moléculaire ; être familiarisé avec l'utilisation des collections de séquences en ligne (e.g. ENA, UniProtKB) ; et avoir des notions en mathématiques et statistiques. Un plus important serait d'avoir assisté à la formation CFE « Alignements et recherche de similarités ». Enfin, une connaissance de l'environnement Unix/Linux constituerait un plus mais n'est aucunement obligatoire.
Modalités pédagogiques
Formation en présentiel avec une répartition 60/40 entre cours et TD/TP.
Moyens et supports pédagogiques
Les ressources pédagogiques remises aux participants seront disponibles à la fois sous forme papier et sous forme dématérialisée (fichiers pdf). Ces supports comprennent les diapositives du cours ainsi que le cahier d'exercices.
Un PC portable sous Linux sur lequel l'ensemble des logiciels nécessaires sera fourni à chaque participant.
Modalités d'évaluation et de suivi
Un suivi individualisé par des évaluations formatives est assuré. Une attestation de fin de formation est délivrée à la fin du parcours.
Formateurs
PG
PERRIERE Guy
Responsable scientifique
Informations sur l'admission
L'admission à cette formation ne fait l'objet d'aucun examen, test ou sélection préalable ; l'inscription est validée après réception du dossier complet et confirmation par l'organisme de formation.
Modalités tarifaires spécifiques
Nos formations sont exonérées de TVA. Elles bénéficient de remises volumes : - 5% pour 3-4 inscrits, - 10% pour 5-6 inscrits, et - 20% à partir de 7 personnes. Une réduction de 20% est appliquée pour les agents salariés du CNRS.
Informations sur l'accessibilité
Notre organisme s'engage à garantir l'accessibilité de ses formations à distance et en présentiel aux personnes en situation de handicap. Un référent handicap est mobilisable afin d'analyser les besoins spécifiques et de mettre en place, lorsque cela est possible, les adaptations pédagogiques, techniques ou organisationnelles nécessaires.