La microscopie électronique en transmission pour la biologie cellulaire
Pouvez-vous vous présenter ainsi que nous parler de votre domaine de recherche ?
« Nous possédons un savoir-faire spécifique et peu répandu en biologie végétale, mais dépassons largement ce domaine en réalisant une vingtaine de projets par an sur des modèles biologies variés […] »
La plateforme de microscopie électronique d’Imagerie-Gif existe depuis maintenant 13 ans et possède une forte expertise en microscopie électronique appliquée à la biologie cellulaire. Créée initialement au sein de l’Institut des Sciences du Végétal, nous évoluons depuis 2015 au sein de
l’Institut de Biologie Intégrative de la Cellule. Nous possédons un savoir-faire spécifique et peu répandu en biologie végétale, mais dépassons largement ce domaine en réalisant une vingtaine de projets par an sur des modèles biologiques variés (microorganismes, cellules animales, végétales, virus, biopsies …).
Nous accueillons et conseillons académiques et industriels sur les approches à utiliser afin de répondre à leurs questions biologiques dans leur domaine d’application (applications biomédicales, environnementales, biologie santé, cosmétique, recherche fondamentale…). Nous maitrisons toute la chaîne de l’imagerie : de la préparation des échantillons et l’acquisition des images jusqu’à l’interprétation des micrographies et la rédaction de compte-rendus scientifiques.
Afin d’enrichir nos offres de prestations et d’anticiper les besoins de nos utilisateurs, nous nous attachons à mettre en œuvre des technologies de pointe, que ce soit pour de la caractérisation morphologique, l’immunolocalisation ou l’imagerie chimique.
Au cœur de notre activité, nous développons quotidiennement sur la plateforme notre mission de formation. Nous formons ainsi chaque année, une cinquantaine d’agents scientifiques afin de les rendre autonomes sur nos équipements.
La mise en place d’une formation plus complète avec CNRS Formation Entreprises nous permet d’approfondir les bases théoriques et d’apporter une vue d’ensemble de la grande diversité des techniques disponibles pour la biologie en microscopie électronique.
« Chaque stagiaire manipule lui-même les équipements disponibles sur la plateforme. »
Aussi sophistiquée que soit la technique d’imagerie considérée, la qualité du résultat repose essentiellement sur le soin apporté à la préparation des échantillons. Depuis 2011, c’est ce thème qui est au cœur de notre formation. Au travers de cours théoriques et de travaux pratiques, nous détaillons l’ensemble des techniques de préparation d’échantillon pour la biologie cellulaire en microscopie électronique en transmission. Nous accordons une grande place aux travaux pratiques : chaque stagiaire manipule lui-même les équipements disponibles sur la plateforme (ultramicrotomes, cryofixateur sous haute pression, microscope électronique en transmission). C’est selon nous la meilleure manière de comprendre le principe de chaque étape de préparation d’échantillons et de retenir les acquis. Nous avons aménagé également des espaces d’échanges et de discussion au travers de tables rondes qui s’avèrent essentiels pour la validation des connaissances. Les stagiaires repartent également avec un livret regroupant les supports de cours, des protocoles, et des suppléments qui leur permettront de revenir sur les connaissances acquises une fois rentrés chez eux.
A qui est destinée cette formation et quelles compétences apporte-t-elle aux apprenants?
« La diversité des profils des stagiaires permet une grande richesse d’échanges et est fortement encouragée ! »
Cette formation est destinée à tous les scientifiques, académiques ou industriels, qui souhaitent apprendre la microscopie électronique pour la biologie. Nous accueillons des techniciens, des ingénieurs, des chercheurs et chefs d’équipe, et des étudiants (doctorants ou post-doctorants). La diversité des profils des stagiaires permet une grande richesse d’échanges et est fortement encouragée !
Le contenu des cours et des TP est accessible aux débutants, même ayant peu d’expérience en microscopie conventionnelle ou en biologie. Nous accueillons aussi souvent des personnes expérimentées qui cherchent à ancrer leurs connaissances pratiques par un approfondissement théorique et par des échanges conviviaux avec les encadrants et les autres stagiaires. Là encore, la mixité enrichit les échanges et ne nuit absolument pas à la transmission des connaissances, bien au contraire.
A l’issue de la formation, les stagiaires disposent des compétences suivantes :
- Le stagiaire connait les aspects théoriques des différentes techniques de préparation d’échantillon pour la microscopie électronique en biologie cellulaire (fixation, inclusion en résine, coupes et cryo-coupes, immuno-marquages et contraste, reconstructions 3D, cryo-MET)
- Il a pratiqué en TP les techniques conventionnelles (fixation chimique, ultramicrotomie, contraste et observation au microscope électronique) et peut les appliquer chez lui sur son équipement.
- Il sait élaborer un protocole expérimental adapté à son échantillon et à sa question biologique. Et, même s’il ne maitrise évidemment pas toutes les techniques existantes, il sait choisir judicieusement la méthode la plus adaptée à son projet pour se tourner vers les bons interlocuteurs.
Avez-vous un exemple marquant de retour d’expérience d’un apprenant ayant suivi votre formation ?
« Quelques années plus tard, nous discutons avec des microscopistes confirmés, confiants et sûrs d’eux, qui abordent pour certains, des projets de microscopie corrélative, technologie réputée complexe et nécessitant de solides compétences en microscopie électronique. »
Il n’est pas évident de répondre à cette question. Quand nous avons des retours, ils sont forcément un peu biaisés, on n’est jamais sûr que les compliments sont parfaitement sincères. Cependant, le monde de la microscopie électronique étant assez petit, il nous arrive de croiser des stagiaires quelques années après qu’ils aient suivi notre formation. A chaque fois, nous avons le plaisir de constater à quel point ils ont progressé. Avant notre formation, c’était des débutants ou juste de simples utilisateurs de microscope électronique. Quelques années plus tard, nous discutons avec des microscopistes confirmés, confiants et sûrs d’eux, qui abordent pour certains des projets de microscopie corrélative, technologie réputée complexe et nécessitant de solides compétences en microscopie électronique. Il est évident que leurs progrès et leur parcours sont le résultat de leur travail au quotidien et de leur motivation. Mais il est extrêmement gratifiant de penser que cette évolution a pu être facilitée par la qualité de l’enseignement que nous leur avons pourvu.
Un article rédigé par Claire BOULOGNE, ingénieure de recherche,
Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), UMR 9198 du CNRS.
