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Analyses NGS avec R

RESPONSABLE

Macha NIKOLSKI

Directrice de recherche

UMR 5800

LIEU

BORDEAUX (33)

ORGANISATION

2 jours
De 6 à 15 stagiaires
2 intervenants en simultané pour les TD

Si inscription simultanée aux sessions 19273 et 19274 :
1450 € au lieu de 1600 € pour les deux stages

COÛT PÉDAGOGIQUE

800 Euros

A L'ISSUE DE LA FORMATION

Evaluation de la formation par les stagiaires
Envoi d'une attestation de formation

DATES DU STAGE

19025 : du jeudi 23/05/2019 au vendredi 24/05/2019

19274 : du jeudi 24/10/2019 au vendredi 25/10/2019

Janvier Février Mars Avril
Mai
19025
Juin Juillet Août
Sept. Oct.
19274
Nov. Déc.

OBJECTIFS

- Savoir analyser des séquences venant de reads NGS
- Savoir déterminer les ARN messagers différentiellement exprimés à l'aide de données RNA-seq
- Etre capable d'enrichir les résultats en utilisant des bases de connaissance

PUBLICS

- Ingénieurs, techniciens biologistes et bioinformaticiens de formation
- Toute personne souhaitant " exploiter " des données NGS ou évaluer et reproduire les analyses présentées dans les publications scientifiques

PRÉREQUIS

Maîtrise du langage R. Avoir suivi le stage « Langage R : introduction » (Réf. 19273, ce catalogue) ou niveau équivalent.
Afin de vérifier que votre maîtrise du Langage R est suffisante pour pouvoir suivre ce stage, nous vous invitons à effectuer et à renvoyer le test téléchargeable ICI.

PROGRAMME

Cette formation introduira les paquetages Bioconductor permettant l'analyse de données issues du séquençage nouvelle génération.

- Rappels des concepts du séquençage NGS
- Les outils d'annotation et de conversion d'identifiant (BioMart)
- L'analyse des reads et du résultat d'alignement
- L'analyse d'expression différentielle en RNA-seq
- Les techniques d'enrichissement
- L'exploitation de données mégatonniques
- Les outils de visualisation pour les NGS (GGbio, Circos...)

La fin du stage (2 h) sera consacrée à un atelier pédagogique d'analyse et de réflexion sur les données apportées par les stagiaires

Alternance de courtes présentations (50 % du temps) suivies de travaux pratiques basés sur des jeux de données réels (50 % du temps).

EQUIPEMENT

Il est conseillé de venir avec son propre ordinateur portable.

INTERVENANTS

K. Hooks, J. Rudewicz (chercheurs) et A. Barré (ingénieur)
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