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Atelier de cytométrie

Pouvez-vous vous présenter ainsi que nous parler de votre domaine de recherche ?

« La cytométrie est une technologie permettant la mesure simultanée de signaux fluorescents cellule par cellule, avec une vitesse de plusieurs milliers de cellules par seconde … »

Après un doctorat en signalisation cellulaire, j’ai souhaité m’orienter vers une carrière d’ingénieur plateforme et cela fait maintenant 11 ans. Je suis désormais expert en fluorescence, plus particulièrement en cytométrie en flux dont je dirige la plateforme, au sein de l’Institut de biologie intégrative de la cellule (I2BC).

La cytométrie est une technologie permettant la mesure simultanée de signaux fluorescents cellule par cellule, avec une vitesse de plusieurs milliers de cellules par seconde. Elle permet d’étudier entre autres les flux ioniques intracellulaires, la production de formes réactives de l’oxygène, la dynamique membranaire, le cycle cellulaire, l’endoréplication, la taille de génome... Elle a une place importante dans le domaine de l’immunologie où il est possible d’identifier les cellules en marquant différentes protéines membranaires (cluster de différenciation, CD) avec des anticorps fluorescents.
Il est également possible de purifier des cellules ou des organites identifiés par fluorescence, afin de les mettre en culture, de les imager, ou encore d’en étudier la génomique, protéomique, lipidomique.


Vous animez la formation "Atelier de cytométrie", en quoi consiste-t-elle ?

« En faisant appel à d’autres experts du domaine, cette formation aborde la cytométrie sur plusieurs thématiques ; en biologie animale, en biologie végétale et en microbiologie. »

La formation « Atelier de cytométrie » dont je suis le responsable et proposée avec CNRS Formation Entreprises, permet d’appréhender la technologie de cytométrie en flux sur 3 jours, en alliant 50% de théorie et 50% de pratique afin d’apporter une nouvelle dimension à vos projets de recherche. Le potentiel de cet outil quantitatif, complémentaire à l’imagerie, est mal connu par la communauté scientifique. Tandis que l’imagerie photonique apporte principalement des informations qualitatives à l’échelle de la cellule unique, la cytométrie va quant à elle apporter des informations quantitatives à l’échelle d’une population de milliers, voire de millions de cellules.

En faisant appel à d’autres experts du domaine, cette formation aborde la cytométrie sur plusieurs thématiques ; en biologie animale, en biologie végétale et en microbiologie. Nous y apprenons à préparer une bonne manipulation en cytométrie en flux avec les contrôles qualité, les contrôles négatifs et les contrôles positifs adéquats, ainsi que les pièges et les artefacts à éviter. Une bonne connaissance du matériel biologique et du fonctionnement des machines est indispensable pour une bonne interprétation des données.
Les après-midis de travaux pratiques en sous-groupe permettent un échange plus convivial en répondant aux interrogations des stagiaires ou en partageant des expériences et anecdotes scientifiques.
Chaque session est un peu différente car nous nous adaptons au mieux aux demandes et besoins des stagiaires afin que la formation leur soit la plus bénéfique possible.


A qui est destinée cette formation et quelles compétences apporte-t-elle aux apprenants ?

« Nous y accueillons des étudiants en master ou en doctorat, des ingénieurs (des techniciens et des ingénieurs de Recherche) et des chercheurs confirmés issus des secteurs publics et privés. »

Cette formation est destinée à tous les scientifiques utilisant, ou voulant utiliser des marqueurs fluorescents dans leur projet. Nous y accueillons des étudiants en master ou en doctorat, des ingénieurs (des techniciens et des ingénieurs de Recherche) et des chercheurs confirmés issus des secteurs publics et privés. Les stagiaires sont le plus souvent des biologistes, mais il n’est pas rare d’avoir également des chimistes.
Au terme de la formation, les stagiaires ont les connaissances nécessaires pour « penser » cytométrie et inclure cette technologie dans leur projet. Ils savent comment est fait un cytomètre et connaissent son fonctionnement pour une analyse ou un tri. Ils sont autonomes pour préparer une manipulation en cytométrie, savent acquérir les bons contrôles et données puis les analyser et les interpréter.


Avez-vous un exemple marquant de retour d’expérience d’un apprenant ayant suivi votre formation ?

« Plusieurs stagiaires […] me confient que la formation leur a beaucoup servie dans leur carrière, notamment pour gérer des projets devant lesquels ils se sentaient désarmés. »

Nous avons formé plusieurs stagiaires qui sont désormais responsables d’une plateforme. Je les croise régulièrement dans le réseau de cytométrie, où ils me confient que la formation leur a beaucoup servie dans leur carrière, notamment pour gérer des projets devant lesquels ils se sentaient désarmés.
D’autres industriels continuent de nous contacter pour demander conseil sur des analyses de données ou sur le type d’équipement à envisager pour une certaine thématique.
Enfin, cette formation a ouvert la voie à plusieurs collaborations sur des projets de recherche en impliquant l’expertise de notre plateforme.



Un article rédigé par Mickaël BOURGE, Ingénieur de recherche, Plateforme Cytométrie en flux, I2BC, UMR 9198 du CNRS.