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Cytométrie en flux avec FlowJo

Pouvez-vous vous présenter ainsi que nous parler de votre domaine de recherche ?

« Je suis […] experte dans le retraitement des données de cytométrie à l’aide du logiciel FlowJo, le logiciel de référence dans ce domaine. »

Je suis Anne-Laure ISCACHE, ingénieure d’études sur le plateau de cytométrie et de tri cellulaire de l’Institut Toulousain des Maladies Infectieuses et Inflammatoires du CNRS depuis 2015. Après l’obtention d’un master professionnel en Bioingénierie-Biotechnologies appliquées à la santé, j’ai travaillé pendant 7 ans à la fois en plateforme et en équipe de recherche, dans un environnement où l’immunologie a toujours été la principale thématique.

Je travaille au quotidien avec des chercheurs, ingénieurs, techniciens et doctorants qui s’intéressent particulièrement à l’immunologie, l’inflammation et l’infectiologie. Mon cœur de métier est de les accompagner et de les conseiller pour analyser et trier les cellules du système immunitaire. Je suis également experte dans le retraitement des données de cytométrie à l’aide du logiciel FlowJo, le logiciel de référence dans ce domaine. Du fait de la génération de quantités de plus en plus importantes de jeux de données multiparamétriques, il est indispensable de maîtriser les outils d’analyses disponibles, notamment FlowJo, afin de produire des résultats robustes de façon efficace. Ces dernières années, nous sommes entrés dans une nouvelle ère de la cytométrie et les dernières générations d’instruments, de plus en plus complexes, permettent d’analyser jusqu’à 50 paramètres en simultané ce qui nécessite le traitement d’analyses multidimensionnelles. Il est donc indispensable pour tous ceux travaillant dans le domaine, de se former tout au long de leur carrière, ce que je fais moi-même, au travers du réseau national de l’Association Française de Cytométrie, pour rester à la pointe dans ce domaine d’expertise et proposer des formations de retraitement des données de qualité.


Vous animez la formation "Cytométrie en flux : retraitement des données avec FlowJo" avec CNRS Formation Entreprises, en quoi consiste-t-elle ?

« Alternant cours et travaux dirigés pour un apprentissage optimal, la première journée est dédiée à l’utilisation des outils de base du logiciel pour réaliser une analyse simple… »

Bien que FlowJo soit le logiciel de référence pour l’analyse des données en cytométrie, il n’existait pas de formations reconnues sur son utilisation. Pourtant un grand nombre de chercheurs, ingénieurs, techniciens et doctorants souhaitaient se former à l’utilisation de ce logiciel. C’est pourquoi, en 2018, j’ai mis en place avec la Délégation Régionale Inserm Occitanie Pyrénées, une formation permanente sur l’utilisation de FlowJo. J’ai ensuite proposé la formation "Cytométrie en flux : retraitement des données avec FlowJo" au catalogue de CNRS Formation Entreprises afin de répondre aux sollicitations de laboratoires académiques et privés qui souhaitaient former leurs collaborateurs notamment en interne.

Alternant cours et travaux dirigés pour un apprentissage optimal, la première journée est dédiée à l’utilisation des outils de base du logiciel pour réaliser une analyse simple et la deuxième, aux analyses automatisées, à la création de rapports statistiques et graphiques complexes ainsi qu’à l’utilisation des modules dédiés à des applications particulières de cytométrie. La dernière demi-journée est entièrement consacrée à l'analyse de jeux de données que peuvent apporter les stagiaires à des fins pédagogiques.


A qui est destinée cette formation et quelles compétences apportent-elles aux apprenants ?

« A l’issue de cette formation, ils auront acquis les compétences nécessaires pour réaliser une analyse complète de leurs jeux de données en toute autonomie sur leur poste de travail. »

Cette formation est destinée aux chercheurs, ingénieurs, techniciens et doctorants pratiquant régulièrement la cytométrie notamment dans le domaine des sciences du vivant et qui souhaitent s’initier ou se perfectionner au retraitement des données avec le logiciel FlowJo.
Les objectifs de cette formation pour les apprenants sont :
Ainsi, à l’issue de cette formation, ils auront acquis les compétences nécessaires pour réaliser une analyse complète de leurs jeux de données en toute autonomie sur leur poste de travail.


Avez-vous un exemple marquant de retour d’expérience d’un apprenant ayant suivi votre formation ?

« Les stagiaires sont satisfaits de cette formation car elle répond à leurs objectifs lorsqu’ils s’y inscrivent. »

Les stagiaires sont satisfaits de cette formation car elle répond à leurs objectifs lorsqu’ils s’y inscrivent et découvrent ainsi les outils qui facilitent leurs analyses de données. Pour eux, la présence des travaux dirigés est une vraie aide à la compréhension de FlowJo. Ainsi, Tony M., ancien stagiaire du secteur pharmaceutique, la "recommande à tout utilisateur de FlowJo" !



Un article rédigé par Anne-Laure ISCACHE, ingénieure d’études, Plateau de cytométrie et de tri cellulaire, Institut Toulousain des Maladies infectieuses et inflammatoires, UMR 5051 du CNRS.